也就是最高執政官這邊，飛船派的人數最少。但飛船派中有大量的高階軍官、技術精英，雖然暫時沒有什麼非分之想，但可能產生的破壞力卻是不容小覷的。

而這些人之所以堅定選擇飛船派，理由也看似很充分：「行星發動機是以全人類命運為賭注的一場豪賭，一旦失敗人類將會萬劫不復。作為人類的精英，他們理應首先撤離，而不應該在這裡冒無謂的風險。」

飛船派的人在數年的政治運作無果後，已經把在密謀搶奪飛船，進行叛逃。

在遊戲的這個階段，玩家的主要活動區域是在損壞的艦隊區域。大量的工程師在對飛船進行拆解、修復，羅舟這些士兵們則是負責巡邏、站崗，表面上是在警惕蟲族的威脅，實際上是為了防範飛船派的人。

在第一批飛船成功修復之後，行星發動機附近突然發現蟲族活動的痕跡，士兵們被緊急徵召前往迎戰蟲族，羅舟則是按照指揮官的指示繼續保護飛船。飛船派果然發動叛亂想要搶奪飛船，主角所在的小隊跟叛軍激烈交火，最終在共同努力之下，成功擊敗叛軍，粉碎了飛船派的計劃。

這次的戰鬥內容是一次比較長的電影化流程，全都是在星際戰艦所在的場景進行的。

在星際戰艦外，嚴禁大型作戰武器進入禁區，但還是有大量的叛軍透過種種方式混了進來。這些叛軍的目的就是奪取星際戰艦叛逃，羅舟的小隊和其他戰士們在星際戰艦內部跟叛軍激烈交火，並最終將他們全都消滅。

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