短期出現不同，終明一朝幾乎是綿綿不絕，這種無節制的濫捕極大地影響了皇帝與官僚機構之間的關係，使百官、民眾、軍隊與皇帝離心離德。

錦衣衛另一項著名的職能就是“執掌廷杖”。廷杖是皇帝用來教訓不聽話計程車大夫的一項酷刑，始自明朝。《明史？刑法志》稱之為：“明之自創，不衷古制”。一語道破了貫穿明皇朝的特別專制的酷政性質。一旦哪位倒黴官員觸怒了皇帝，被宣佈加以廷杖，他就立刻被扒去官服，反綁雙手，押至行刑地點午門。在那裡，司禮監掌印太監和錦衣衛指揮使一左一右早已嚴陣以待。受刑者裹在一個大布裡，隨著一聲“打”字，棍棒就如雨點般落在他的大腿和屁股上。行刑者為錦衣衛校尉，他們都受過嚴格訓練，技藝純熟，能夠準確根據司禮太監和錦衣衛指揮使的暗示來掌握受刑人的生死。如果這兩人兩腳象八字形張開，表示可留杖下人一條活命；反之，如果腳尖向內靠攏，則杖下人就只有死路一條了。杖完之後，還要提起裹著受刑人布的四角，抬起後再重重摔下，此時布中人就算不死，也去了半條命。廷杖之刑對士大夫的肉體和心靈都是極大的損害，但明朝的皇帝卻樂此不疲，錦衣衛將校對它也是情有獨鍾。

縱觀有明一朝的錦衣衛，既出過袁彬、牟斌這樣比較正直的指揮使，也出過馬順，紀綱一類的走狗，酷吏。既有過對萬曆中日戰爭中出色的情報戰，及其對蒙古貴族策反等表現，也有過依附東廠，妄殺忠臣的卑劣行徑。但總的來說，其職能主要還是為明朝皇帝監視，正面作用是制裁士大夫階層的腐敗行為和預防可能的叛亂，同時負擔相當部分國防及情報工作。明朝的皇帝有了錦衣衛這樣高效率的工具，監督士大夫階層，文武官員的犯罪行徑顯得更加得心應手，也使得不法之人及文官集團更加忌憚。有明一代的錦衣衛，基本是文官，宦官兩大同治集團的政治鬥爭工具，主要作用總是隨著國家政策的變化而發生著變化。儘管有一定的正面作用，但也有相當的負面影響。

明代的錦衣衛設立之初，乃是著名的酷政。《明史？刑法志》明確說，近於漢武帝時之詔獄。所謂詔獄，主要是指九卿、郡守一級的二千石高官有罪，需皇帝下詔書始能繫獄的案子。漢武帝與匈奴作戰多年，將國家拖入了戰時體制，多用法家酷吏，嚴刑峻法，《史記？酷吏列傳》等篇說，漢武帝晚年，詔獄多達二十六所，關押有郡守、九卿一級高官前後達百餘人，牽連物件至十餘萬人。不過，在漢代，這類酷政依然只是漢武帝晚年階段較短時期的現象。瞭解了詔獄的性質，明太祖朱元璋何以要設定錦衣衛也就容易明白了。《明史？職官五》說：“錦衣衛掌侍衛、緝捕、刑獄之事，恆以勳戚都督領之……盜賊奸宄，街塗溝洫，密緝而時省之。”明太祖擔心自己死後，下一代皇帝駕馭不了文武功臣，所以他幾興大獄，假借了若干由頭，連殺帶整，把輔佐他打天下的文武功臣差不多滅了個乾乾淨淨。這類案子，事出有因、查無實據，如果交給朝官們按法辦理，就有可能曠日持久，甚至定不了案。所以就把這些案子作為詔獄交給錦衣衛辦理。

這樣來看錦衣衛，性質就十分清楚明白了。“侍衛”，本就是皇帝的親兵；“刑獄”，自己可以斷獄；加之“密緝”，則又說明其特務機構性質。漢武帝時的詔獄，仍是由朝官辦案，只是嚴刑峻法的政策失誤；明太祖的錦衣衛，則以消滅功臣為目的，羅織罪狀，置無罪者於死地。“幽縶慘酷，害無甚於此者，太祖時，天下重罪逮至京者，收繫獄中，數更大獄，多使斷治，所誅殺為多。”《明史？刑法志》說：“胡惟庸、藍玉兩（大臣）案，株連且四萬（人）。”足見其酷烈程度。作俑之始，就是皇帝維護皇權，剷除腐敗之心過關切的產物，所以其後遺症也特別嚴重。自然，明太祖自己也知道，此類酷政不可以為常，所以，在藍玉案以後、也即是功