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劉仁軌在文中陳述了唐軍現在招募兵役中存在的問題，並詳細分析了其中的利弊。認為府兵制和臨時募兵制都不能適應國家的軍事需要，如果突然發生戰爭，大唐將是沒有兵備的國家，一蹴而倒的危險是存在的。

唐高宗見到奏章後，非常重視，立即派劉仁願率兵渡海，接替劉仁軌及所部回國。但劉仁軌卻不同意立即回國，並說明了自己的理由，他說：“國家懸軍海外，欲以經略高句麗，其事非易。今收穫未畢，而軍吏與士卒一時代去，軍將又歸。夷人新服，眾心未安，必將生變。不如且留舊兵，漸令收穫，辦具資糧，節級遣還；軍將且留鎮撫，未可還也。”

但劉仁願卻說：“吾前還海西，大遭讒謗，雲吾多留兵眾，謀據海東，幾不免禍。今日唯知準敕，豈敢擅有所為！”

劉仁軌氣憤地說：“人臣苟利於國，知無不為，豈恤其私！”

隨後，劉仁軌再次上表陳述自己的理由，肯請留下繼續鎮守百濟，並請求任命扶余隆為熊津都督，招撫其眾。這些都得到了唐高宗的認可。

劉仁軌不單單在政治，軍事上頗有見地，而且還為人剛正，常常犯言直諫，在唐高宗後期，武則天操縱朝政。弘道元年十二月，唐高宗病卒，武則天親政。劉仁軌做為前朝元老，被加授特進。弘道元年十二月二十一日，劉仁軌再次出任尚書左僕射、同中書門下三品。

光宅元年二月初八，武則天廢皇太孫李重照為平民，令劉仁軌專門主管西京留守事務。並寫信給劉仁軌說：“昔漢以關中事委蕭何，今託公亦猶是矣。”

劉仁軌見武則天臨朝後，獨斷專行，於是便以年老體衰為由進行推辭。同時還陳述漢朝呂后禍敗的事實，以此規諫對武則天。武則天見是劉仁軌規勸自己，知他年老體衰，不會有太大作為，便派秘書監武承嗣去撫慰他，並說：“今日以皇帝諒暗不言，眇身且代親政。遠勞勸誡，復表辭衰疾，怪望既多，徊徨失據