態度，對中國總統的安全問題，公推荷蘭公使非正式手續警告偽外交部，不得加以傷害，並須加意保護。因此，張勳就不敢公然派兵驅逐黎出府，僅於3日調換總統府的衛隊，加強對黎的監視。

當總統府調換衛隊時候，黎與留在總統府的少數幕僚舉行緊急會議，決定在衛隊交替的忙亂時期，冒險離開總統府。他們採取了一個戲劇性的轉移目標方法，就是由總統府侍從武官唐仲寅中將偽裝為總統，乘坐總統的汽車出發，黎卻打扮作普通職員的模樣，與秘書劉鍾秀等乘坐蔣作賓的汽車出發，約定在法國醫院集合。當黎到達法國醫院時；因為沒有醫生簽字的入院證，醫院拒絕收留，黎等一行只得轉往日本公使館武官齋藤少將的官舍棲身。

黎元洪的密使覃壽坤到了天津，找到張國淦，張把黎的命令轉達段祺瑞。段看到這個命令，陡然沉下臉色來破口大罵：“他今天還能夠算是總統！我今天還要接受他的命令！我難道不能叫幾個軍人通電推戴我帶兵討逆！”

張勸他平心靜氣一點，不要意氣用事。張說：“他今天當然還是總統。一切問題，應在軌道上進行。接受總統的命令，就能夠取得合法地位，行使合法職權。軍人推戴是不合法的。何況一方面取得北方數省軍人的推戴，另一方面也會引起西南數省軍人的反對。西南數省仍然承認這個總統，這個總統的命令，他們是沒有理由反對的。”

張的意見說動了段，果然他就按軌道辦事，接見黎的密使，接受了關於內閣總理的任命。

根據當時的“情況”，北洋軍既然是全國最大的武力，段又是北洋軍派的領袖，他肯出面來###叛逆，討逆軍事理當可以立即佈置，順利進行。但問題並不這樣簡單。以前段用陰謀手腕促成這次復辟政變，以為可以為他自己創造一個重握政權的機會，但當事到臨頭之際，他又竟然弄得自己茫無所措，沒有一點把握找到一支軍隊來作為###叛逆的基礎。他派段芝貴去找直隸省長朱家寶和天津警察廳長楊以德協助討逆，不料這兩個人都因段已失勢而置之不理。段便決定到南京與馮國璋計劃討逆軍事。當時又有人提醒他：“馮是個野心很大的人，此時還沒有表明對復辟問題的態度。如果馮是附和復辟的，此去就成為他的政治俘虜。即使他反對復辟並且同意出兵討逆，將來軍事勝利結束，這件再造共和的偉大功勳，將歸馮一人佔有，馮將為北洋派的唯一領袖”。這個意見，又使段決定終止南京之行。

關於如何著手組織討逆軍問題，經過段派人物的多方研究，後來才決定以駐馬廠（天津以南）的第八師李長泰部和駐廊房（天津以西）的第十六混成旅馮玉祥部作為主要的策動物件，並與保定的曹錕進行聯絡。這些都是靠近北京的軍隊，用這些軍隊去打北京，是有把握打垮北京的辮子軍，並在短期內結束討逆軍事的。但是，新的困難問題又來了，這些軍隊都不是屬於段派的軍隊，而且實際上都是接近馮的直系軍隊，段不能一紙命令把它們吸收到自己討逆旗幟之下。

後來這些困難並不是採取光明磊落的辦法，而是採取鬼鬼崇崇的手段克服了的。段用很多的金錢收買李長泰的老婆，透過她的關係，說服李長泰，才願意接受段的指揮。段又以師長的地位許給馮玉祥，並以更多的權力許給曹餛。馮玉祥本來是反對復辟的，曹餛為著個人的利害關係，也反對復辟，因此這兩路人馬都湊攏起來了。

一切準備好，段於7月2日晚9時偕同梁啟超等行抵馬廠。3日上午8時，在第八師司令部召開軍事會議，會上公舉段為討逆軍總司令。同一天，段組成討逆軍總司令部，派段芝貴為西路討逆軍總司令，曹錕為東路討逆軍總司令，並以梁啟超、湯化龍、徐樹錚、李長泰為討逆軍總司令部參贊，靳雲鵬為參議，張志潭為秘書長。

7月4日，段以討逆軍總司令名義