雖御難於外，乃心無不在王室，是將軍醫天下之素志也。今車駕旋軫？義士有存本之思，百姓感舊而增哀。誠因此時，奉主上以從民望，大順也；秉至公以服雄傑，大略也；扶弘義以致英俊，大德也。天下雖有逆節，必不能為累，明矣。韓暹、楊奉其敢為害！若不時定，四方生心，後雖慮之，無及”（《三國志&amp；#8226；魏書&amp；#8226；荀彧傳》）。

曹操認為荀彧之言有理，遂應安集將軍董承的秘密召請，親率大軍進抵洛陽，被任命為司隸校尉，奉迎獻帝遷都許昌（今河南許昌東）。曹操被封為大將軍、武平侯，荀彧也升為漢侍中，守尚書令。從此造成曹操奉天子以令諸侯的戰略優勢，併為其此後統一戰爭（參見曹操統一北方的戰爭）的順利實施，奠定了基礎。

荀彧很少隨軍出征，而是“居中持重”（《三國志&amp；#8226；魏書&amp；#8226；荀彧傳》），曹操雖然在外征戰，但軍國之事都由荀彧排程籌劃。曹操問荀彧：“誰能代卿為我謀者？”荀彧說“荀攸（荀彧侄）、鍾繇”（《三國志&amp；#8226；魏書&amp；#8226；荀彧傳》）。荀彧善於舉薦人才，起初舉薦了戲志才，戲志才死後又舉薦了郭嘉。此外，還舉薦了陳髃、杜畿、司馬懿等人，都是當時名士，只有嚴象和韋康後來叛亂，先後敗亡。

自曹操迎天子後，引起了袁紹的不滿。時袁紹雄居北方。曹操則東憂呂布，南拒張繡。建安二年（197年）正月，曹操南征張繡，大敗而歸。袁紹則更加驕矜溢，寫信給曹操，辭語驕慢。曹操閱後大怒，諸將都說是作戰不利的原故。鍾繇因此問荀彧，荀彧說：“公之聰明，必不追咎往事，殆有他慮”（《三國志&amp；#8226；魏書&amp；#8226；荀彧傳》）。見到曹操後，曹操將袁紹書信讓荀彧觀看，說：“今將討不義，而力不敵，何如？”荀彧說：“古之成敗者，誠有其才，雖弱必強，苟非其人，雖強易弱，劉、項之存亡，足以觀矣。今與公爭天下者，唯袁紹爾。紹貌外寬而內忌，任人而疑其心，公明達不拘，唯才所宜，此度勝也。紹遲重少決，失在後機，公能斷大事，應變無方，此謀勝也。紹御軍寬緩，法令不立，土卒雖眾，其實難用，公法令既明，賞罰必行，士卒雖寡，皆爭致死，此武勝也。紹憑世資，從容飾智，以收名譽，故士之寡能好問者多歸之，公以至仁待人，推誠心不為虛美，行己謹儉，而與有功者無所吝惜，故天下忠正效實之士鹹願為用，此德勝也。夫以四勝輔天子，扶義征伐，誰敢不從？紹之強其何能為”（《三國志&amp；#8226；魏書&amp；#8226；荀彧傳》）！

荀彧這番話雖然對曹操讚揚得過分了些，但總約來說，還是比較符合實際的。他不受表面現象的迷惑，能抓住事物劉本質來作分析，這是很不容易的。

曹操聞後大悅，荀彧還說：“不先取呂布，河北亦未易圖也。”曹操說：“然。吾所惑者，又恐紹侵擾關中，亂羌、胡，南誘蜀漢，是我獨以兗、豫抗天下六分之五也。為將奈何？”荀彧說：“關中將帥以十數，莫能相一，唯韓遂、馬超最強。彼見山東方爭，必各擁眾自保。今若撫以恩德，遣使連和，相持雖不能久安，比公安定山東，足以不動。鍾繇可屬以西事。則公無憂矣”（《三國志&amp；#8226；魏書&amp；#8226；荀彧傳》）。

建安三年（198年）五月，曹操大敗張繡；十二月，曹軍攻入下邳，誅殺呂布，平定徐州。建安四年（199年）四月，曹操派部將北渡黃河，擊斬依附袁紹的眭固，攻佔射犬（今河南武陟西北），控制河內郡（治懷縣，今河南武陟西南）。由於曹操在內線作戰中，集中兵力，各個擊破，速戰速決，逐步由弱變強，據有兗、豫、徐等州，為抗擊袁紹集團準備