與此同時，京城也風雲變幻，多爾袞不負皇太極期望，果然在亂軍中搜尋抓到了崇禎的三個兒子，押到了皇太極面前。

讓他意外的是，皇太極卻好言好語寬慰了這三個驚弓之鳥，下詔宣佈扶持太子為明光歷皇帝，自己以盟國皇帝的身份留在京中輔政，並宣佈當年即恢復科舉制度，許多大明原來的朝臣也都官復原職。

連已經投降大清的文臣武將，比如吳三桂之流，皇太極也都歸還新的明朝，並讓光歷皇帝頒發恩詔，大赦天下。之後便以國內事多為由，返回了關外，只令多爾袞、多鐸等十幾員大清的親王旗主，領著總數約二十萬的軍隊，以借兵替光歷皇帝平定江山之名，留了下來。

鑑於闖王拷掠明官殺害了很多原來的明朝大臣，朝堂空缺太大，缺少主事之人，皇太極連范文程等幾個大清的文臣也一併借給了光歷皇帝，並與光歷皇帝簽下協議，借用三年，三年後歸還。

原崇禎朝太子朱慈烺，現在的明光歷皇帝，實在只是個十五六歲的少年，沒有什麼管理朝政的經驗。

好在整個明朝都是內閣制，一切軍政大權都握在文臣集團手裡，由內閣擬定策令再頒發天下，所謂天子就好像傀儡一樣，只起個蓋印的作用，頂多在禮儀制度上代表皇室，代表天下正統。

因此皇帝是昏庸或賢明，都沒有太大關係，這天下實際作主的，是士林集團，是世家大族，以及因襲下來的將門武官。

但在大清橫插進來之後，這種情況卻迅速改變，大半個朝堂都落入了大清官員們的掌控，明朝計程車林集團和他的代表官員雖然看著也掌了半壁江山，說話卻再也不如往日有用。

明知道皇太極留下這麼多文臣武將和軍隊不懷好意，可難辦的是，皇太極卻是正統的光歷皇帝的扶持人，誰要不承認光歷皇帝的統治，他的軍隊就會光明正大打著討逆的旗號殺過去。

也有些明臣私下裡勸說光歷皇帝努力擺脫大清的擺佈，不要事事都看皇太極的臉色來辦。

可是朱慈烺卻對皇太極心懷感激，認為連自己的外公都不肯在艱難時刻收留自己，反而是這位盟國皇帝替他趕走仇敵闖王，還給了他安定富裕的生活，無人可及的地位，因而並不肯聽那些朝臣的話。

明臣越勸，他越反感，他落難的時候這些傢伙個個當他是瘟疫，閉門不納，現在皇太極幫助他坐上寶座了，卻又一個個跑來勸他疏遠皇太極，這是什麼意思？

結果沒兩個月，這事被大清留下來的文臣武將們知曉，當廷跟明臣激烈辯論之後，多爾袞一個慫恿，朱慈烺乾脆下詔認皇太極為義父，對大清自稱兒皇帝，氣死了好幾個明朝的遺老。

明朝計程車林集團不甘失敗，又另闢蹊徑，千方百計想把大清留下的文臣武將和他們的軍隊逐步擠兌出去，趕回關外。卻忽然發現，原來皇太極的幫忙併不是免費的趕走闖王之後，皇太極就把刮自李自成的所有財物都當作自己的戰利品運回了關外。

而明朝新收上來的稅賦又要按照協議先行大量供給了大清的官員和軍隊，剩下來可憐的一點，才會流到明官的手裡。

可是皇太極的人馬卻只管討逆打仗，不管自然災害，各地旱災、水災什麼的，向朝廷發急報求賑濟，都要明官來處理發放。

於是明官悲哀地發現，皇太極一手把住了大明的軍政兩大命脈，離開他留下來的官員，單靠他們就什麼事也辦不成更嘔的是，大清的人在各地的名聲越來越好，原因是手裡無錢的明官開倉賑濟什麼的，都顯得很小氣，不如大清的官員，出手大方，責任還都不歸他們扛，賑災完全是義助。

此外還有更奇的事隨著清軍入關，攘助新明王朝，許多西洋傳教士也跟著過來，在各地辦起了西學和教堂，新奇的科學，先進的技術很快傳遍了中原，令