至五六丈不等，河底深丈五六尺者，今只存水三四尺，並有深不及五寸者。舟只在在膠淺，進退俱難。濟運壩所蓄湖水雖漸滋長，水頭下注不過三寸，未能暢注。淮安三十餘裡皆然，高、寶以上之運河全賴湖水，其情大可想見。請飭河、漕二臣將河面淤墊處展挑寬深，再放湖水，藉資輓送，以期不誤北上期限。”上以“借黃濟運，原系權宜辦理，孫玉庭察看漕艘挽運艱難，不早陳奏變計，魏元煜舊任漕督，及與顏檢坐觀事機敗壞，隱忍不言，糜帑病民，是誠何心？令將運河淤墊一律挑深，費由玉庭、元煜、檢分賠。”琦善又言，自御黃壩堵閉，運河淤墊不復增高，而洪湖清水蓄至丈餘，各船可資浮送，不敢冒昧挑濬。工費至省在百萬外，玉庭等罄其所有，斷無如許家資。更可慮者，欲濬運河，必先堵束清壩，阻絕來源，而後可以涸底挑辦。現湖水下注湍急，束清壩外跌塘甚深，又系清水，不能掛淤閉氣。設正事興挑，而束清壩臌開，則工廢半途，費歸虛擲。請停止裡、揚運河挑工，以免草率而節糜費。”允之。是年，築溫榆河上游果渠村壩埽。七年，東河總督張井、副總河潘錫恩請修復北運河劉老澗石滾壩、中河�南纖堤、揚糧二�東西纖堤及堤外石工，移建昭關壩。上遣英和等馳勘，乃定移昭關壩於其北三元宮之南，餘如所請行。

十一年，高郵湖河漫馬棚灣及十四堡，湖河連為一。江督陶澍請依嘉慶間故事，運河決口，重空糧艘均繞湖行。八月，十四堡塞。冬，馬棚灣塞。先是澍撫蘇時，以鎮江運河並無水源，祗恃江潮浮送，下練湖湮塞已久，移建黃泥閘於張官渡以當湖之下流，俾得擎託湖流，使之回漾，稍濟江潮之不逮，曾著成效。至十四年遷江督，復偕巡撫林則徐相度，於湖頂衝之黃金壩及東岡築兩重蓄水壩，培圩埂二千八百八十丈，使水得入湖。又建減水石壩二於湖之東堤，俾可宣洩暴漲。於入運處修復念七家古涵，以作水門，並建石閘以放水濟運。是冬工竣，由涵引水出，竟能倒漾上行數十里，軍船得銜尾而南。越二年，溜勢變遷，河形灣曲，復移建黃泥閘於迤上二百丈，改為正越二閘，中建磯心，並改張官渡迤下六十里呂城閘為正越二閘，以利漕行。十五年，移築囊沙引渠沙壩於西河漘外，以資收蓄，從東河總督吳邦慶請也。

十八年，運河淺阻，用河督慄毓美言，暫閉臨清閘，於閘外添築草壩九，節節擎蓄，於韓莊閘上硃姬莊迤南筑攔河大壩一，俾上游各泉及運河南注之水，並攔入微山湖。定收瀦濟運章程六。十九年，毓美以戴村壩卑矮，致汶水多旁洩，照舊制增高之。初，給事中成觀言淮、揚芒稻閘、人字河不宜堵壩，阻水去路，下陶澍等議。至是覆稱：“此壩蓄水由來已久，並不攔阻眾水歸江，不得輕議更張。”從之。時衛河淺澀，難以濟運。東撫經額布請變更三日濟運、一日灌田例。詔將百門泉、小丹河各官渠官閘一律暢開，暫避民渠民閘，如有賣水阻運盜挖情弊，即行嚴懲。明年，漕督硃澍復言：“衛河不能下注，有妨運道。”命河督文衝、豫撫牛鑑察勘。文衝等言：“衛河需水之際，正民田待溉之時。民以食為天，斷不能視田禾之枯槁置之不問。嗣後如雨澤愆期，衛河微弱，船行稍遲，毋庸變通舊章。倘天時亢旱，糧船阻滯日久，是漕運尤重於民田，應暫閉民渠民閘，以利漕運。”從之。

咸豐元年，甘泉閘河撐堤潰塌三十餘丈，河決豐縣，山東被淹，運河漫水，漕艘改由湖陂行。先是戶部尚書孫瑞珍言十字河為全漕之害，若於河西改寬新河，以舊河為囊沙，於彭口作滾壩，納濁水而漾清流，漕船無阻，可省起剝費二十萬。下東河總督顏以燠議。至是以燠言：“改挖新河事無把握，無庸輕議更張。”報聞。二年，決北運河北寺莊堤，命尚書賈楨、侍郎李鈞勘堵，並改次年漕糧由海道運津。自是遂以海運為常。同治而後，更以輪舶由海轉運，費省而程速，雖分江北漕