他在劉牢之手下，由參軍做起，透過討伐孫恩，屢戰屢勝、屢勝屢升，一路高歌猛進。每次交戰，他的戰果都是斬殺、俘虜敵軍數以萬計。

很快，劉裕升到建武將軍、下邳太守。

孫恩起事，也給盤踞長江中上游的荊州刺史桓玄，找到了率軍東下的藉口。

荊州是桓玄之父桓溫經營了幾十年的老巢。桓玄擔任荊州刺史，猶如虎歸深山、龍入大海。沒用多久，他就富可敵國，操練出十幾萬水、陸強軍。

桓玄多次請求沿江而下，進駐京口，參加鎮壓孫恩暴動。

他是什麼意圖，朝堂上下清清楚楚。

司馬元顯覺得自己的地位受到嚴重威脅。於是準備向西討伐桓玄。

桓玄得到訊息，不但不懼，反而主動出擊，率軍向南進攻司馬元顯。

司馬元顯派劉牢之率北府軍前去抵禦。

兩軍在溧陽駐軍對峙。

劉裕請求出戰，劉牢之不允。

劉牢之對司馬元顯的德行十分清楚，也相當忌憚。

他覺得，自己此時擊敗桓玄，那自己必定成為司馬元顯的下個目標。

於是，他派兒子劉敬宣去向桓玄求和。

劉裕和劉牢之外甥何無忌，堅決反對劉牢之的做法。但沒效果。

桓玄最後攻入建鄴，斬殺司馬元顯，流放司馬道子。

不久，他又找機會殺死司馬道子。斬草除根。

劉牢之也是一代名將。但他先叛老闆王恭、投靠司馬元顯，導致王恭被殺；現在又叛司馬元顯、投靠桓玄，導致司馬元顯被殺。

桓玄控制了朝廷後，認為此人名聲已毀，不適合擔任北府軍統領。於是打算撤銷劉牢之兵權。

劉牢之再次露出反覆無常的本性，鼓動手下將領一起反叛桓玄。

包括劉裕在內的一眾北府軍將領，無人再願追隨他。

劉牢之便棄官逃跑了。逃出去後，他卻發現天下之大，無人願意收留他。於是上吊自殺。

劉牢之打算背叛司馬元顯、投靠桓玄時，劉裕堅決反對。

後來劉牢之又鼓動大家反叛桓玄時，劉裕也是堅決反對。

桓玄欣賞劉裕的鐵血軍人性格和非凡作戰能力，想拉攏收買劉裕為己所用。於是任命他為中軍參軍。

五斗米教教主孫恩得知晉國朝廷裡，桓玄與司馬元顯打起來了，於是趁機又率軍來攻打吳地。

但這次孫恩的運氣極差。他的隊伍一上岸就遭遇幾路大軍圍堵，最後在臨海郡被太守辛昺擊敗。隊伍只剩不到萬人。

孫恩被圍堵，不願被俘，投海自盡。

他的妹夫、副教主盧循收拾殘軍，乘船逃走。

桓玄控制朝廷大權後，改年號為大亨。

他任命親兄桓偉為荊州刺史，從兄桓修為徐、兗二州刺史，從兄桓石生為江州刺史，從兄桓謙為尚書左僕射發小卞範之為丹陽太守…

桓玄封自己為太尉、平西將軍、都督中外諸軍事…

桓玄牢牢掌控朝廷大權後，罷黜奸佞、擢用賢臣。晉國出現短暫欣欣向榮氣象。

但劉裕、何無忌等人看得清楚，深知桓玄目的是篡奪皇位。心中十分警惕。