知道楊玄感叛亂雖已平定，但國內“群盜所在皆滿”，局勢已亂，徵遼鬧得天怒人怨，百官明知安撫國內動亂才是當務之急，可是楊廣駐蹕高陽對高句麗志在必取之舉，群臣們只好沉默。

而後，楊廣下了一道的詔書，以皇帝的身份對前面幾次的徵遼事宜做出總結，詔書稱“往年出車問罪，將廟遼濱，廟算勝略，具有進止。而諒昏兇，罔識成敗，高熲愎恨，本無智謀，臨三軍猶兒戲，視人命如草芥，不尊成規，坐貽撓退，遂令死亡者眾，不及埋藏。今宜遣使人分道收葬，設祭於遼西郡，立道場一所”。

詔書中楊廣對於為徵遼事業獻身於遼東的文武將士表達了惋惜悲憫之情。同時派人收葬棄於荒野的隋徵遼士兵骸骨，設立道場祭壇超度死者亡靈。然而作為高傲的皇帝楊廣並沒有在詔書中坦承自己前兩次徵遼的失敗。反而把自己親征失敗時在遼東留下的將士骸骨歸為開皇年間弟弟楊諒和宰相高熲時留下的，這也是作為皇帝楊廣的無奈之舉。因為他是皇帝，即使知道自己錯了他不能正大光明的承認自己的錯，但在二月23日楊廣下詔第三次御駕親征高句麗的詔書中他還是以“黃帝五十二戰，成湯二十七徵，方乃德施諸侯，令行天下”含蓄的承認自己的前兩次徵遼的失敗。

二月23日，奉命出征的大軍又一次跟隨楊廣無奈的腳步走上了遼東前線。和前兩次一樣也不一樣，徵人四遠奔赴如流，舳艫相次千餘里。役夫往返在道者常數十萬，死者臭穢盈路，逃役者不計其數。如唐初名將劉弘基從徵遼東，家貧不能自備行裝，自度失期當斬，遂與同伴殺牛，讓官吏來逮自己進縣大牢。徵遼路上，徵人與逃亡者幾乎是擦肩而過，人流洶湧。25日。楊廣來到北平郡盧龍縣的臨渝宮（今河北撫寧縣境），在曠野設壇祭祀黃帝藉此希望振奮軍心。

雖然一路上各地變亂的訊息不斷傳來，但有點無奈的楊廣只有一面發詔各地官員征討鎮壓，一面繼續行軍。由於逃亡不斷。行程很慢，走了近3個月，七月17日楊廣的車駕才趕到塞外遼河邊上的懷遠鎮（今遼寧懷遠縣）。身為皇帝的楊廣雖又一次親臨前線。但原先徵發的軍隊多失期不至，士兵厭戰。役夫逃亡，加上秋涼已到。時間不多，隋軍雖多，但實際上戰爭的希望很是讓人擔憂。此時，來護兒率水軍泛海先於遼東半島登陸，佔領了高句麗的畢奢城（今遼寧大連市北），但水軍副總管周法尚則在進軍途中遇疾而亡，死時遺言以未能親見滅高句麗而遺憾。高句麗舉兵迎戰來護兒軍，被擊敗，來護兒於是勒兵將轉攻平壤，高麗王高元震恐，連年守土作戰已人疲馬乏，自己又主動毀壞稼禾，實行堅壁清野，雖頂住了隋軍進攻未致亡國，但三年不種稼穡，野無青草，舉國饑荒，亦舉動困弊，全國大飢無力再戰，於是遣使執送隋叛臣斛斯政於遼東城（今遼寧遼陽市）下，上表乞降。

俗話說瘦死的駱駝比馬大，何況當時的隋國並沒有想象中的那麼敗落，當時楊廣君臣再鼓一把勁滅亡高句麗的可能性依然很大，但是由於前兩次失敗，楊廣以及大部分君臣對取勝也不像先前那樣有把握，對戰局的發展也沒有底，國內的頻頻叛亂和軍糧轉輸困難使他們頗為沮喪，心亂如麻，難以下臺收場。七月28日，當高麗王高元的使者囚送叛國的斛斯政來贖罪乞降時，楊廣異常興奮，這不是給自已臺階下嗎？於是，楊廣立即下令隋各路大軍停止進攻，接受高句麗降款，並遣人持節往來護兒軍中，詔其率水軍回師。

來護兒剛打了勝仗，一雪前次平壤戰敗之恥，且水軍隨船帶糧有運輸條件，士卒士氣較高，對戰爭前景持樂觀態度。接到回師詔令，來護兒大為不滿，即召集部眾喊：“三度出兵，未能平賊，此還也，不可重來。今高麗困弊，野無青草，以我眾戰，不日克之。吾欲進兵，徑圍平壤，取其偽主，獻捷而歸”。不肯奉詔，上表請戰。長史崔君肅認