力較弱的小勢力團體表示支援，但這些力量遠遠不足以對抗即將到來的強敵。

六月五日，明智光秀進入安土城。為了收攬人心，他採取了一系列措施：下令設立所司代，免除京都地區的地租，向寺院、神社捐贈金銀，犒賞家臣士兵，並將織田信長貯藏的金銀財寶等名物分給家臣。這些舉措雖然暫時穩定了局勢，但也消耗了大量的資源，使他的軍事實力受到了一定的削弱。

六月七日，朝廷派敕使吉田兼和拜訪光秀，要求他維持京都地方的治安。這表明朝廷對光秀的暫時認可，但並未給予實質性的支援。六月九日，明智光秀正準備前往京都時，接到了豐臣秀吉回師的訊息。豐臣秀吉在得知織田信長遇害後，迅速與毛利家議和，迅速回師京都。明智光秀意識到形勢的嚴峻，決定出兵山城國山崎（位於京都和大阪之間），以阻止豐臣秀吉的前進。

由於豐臣秀吉的快速行軍，他已經提前趕到了山崎，使明智光秀陷入了被動。加之織田信長的威望極高，明智光秀的倉促反叛準備不足，導致此前交好的細川藤孝、筒井順慶等武將都不肯與他共同進退。甚至明智光秀的 與 力 、攝津國大名中川清秀和高山重友也倒向了豐臣秀吉，這使得光秀的軍隊在人數和士氣上都處於劣勢。

六月十三日，明智光秀與豐臣秀吉、丹羽長秀、織田信孝等在天王山（又稱“山崎合戰”）展開決戰。開戰後不久，由於高山、中川、池田三隊的奮力作戰，光秀軍迅速陷入不利局面。光秀軍在激烈的戰鬥中逐漸不敵，被迫撤退至勝龍寺城（現位於長岡京市勝龍寺）。光秀在勝龍寺城稍作休整後，決定前往坂本，希望能夠在那裡重 整 旗 鼓。

然而，光秀的撤退之路並不順利。根據豐臣秀吉記錄的史料，明智光秀經過山科小慄棲村時，遇到了村民的阻攔。村民們對光秀弒主的行為深感憤怒，用竹槍將其殺死，並斬取其首級。村民將光秀的首級送到了豐臣秀吉的軍營，獲得了豐厚的賞賜。

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