常山、富陽、遂安、海寧、臨安等地的勝利，但太平天國起義軍並沒有停止攻勢。在太湖東山之戰中，總兵王之敬作戰失利，使得局勢再度緊張。進入夏季後，太平軍捲土重來，接連攻陷了江山、常山、長興、金華、遂昌、松陽、處州、永康、義烏等地，王有齡因此被革職留任，但仍負有指揮責任。

在這樣的情況下，張玉良扼守重要據點以支援各路清軍，但最終也被太平軍擊敗。王有齡下令各路將領救援，但大多數將領並未積極響應，只有處州鎮總兵文瑞率三千江西援兵響應號召。王有齡平素對待文瑞頗為優厚，因此文瑞主動請纓，率部進駐金華孝順街。然而，當得知蘭溪戰敗的訊息後，文瑞的部隊迅速潰逃至浦江，並被太平軍追擊。王有齡派出軍隊試圖救援，但在途中再次遭遇失敗，導致浦江、嚴州相繼失陷。總兵劉季三、副將劉芳在富陽戰死。

隨著戰事的不斷惡化，各路將領看到太平軍的強大攻勢，紛紛選擇避戰，只關心索取軍餉。與此同時，民間的捐輸活動已經讓民眾不堪重負，而官員們的催促更加劇了社會的不滿情緒。在這種背景下，團練大臣王履謙彈劾王有齡強迫捐款，引發民怨，二人之間也因此產生了諸多分歧。王有齡上書朝廷，揭露彼此的問題。

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到了咸豐十一年十月，蕭山、諸暨、紹興府相繼失陷，糧草供應完全中斷，援軍無望。在這種絕望的情況下，王有齡再次上奏請求調任李元度為按察使，並招募湘軍八千人進入浙江。然而，這支軍隊在龍游被太平軍阻擊，未能及時增援。

同年十二月，太平天國忠王李秀成率領大軍包圍杭州城。副將楊金榜戰死，張玉良亦在戰鬥中被炮彈擊中身亡。城內士氣低落，糧食耗盡，許多饑民因飢餓而亡。十二月二十九日，太平軍攻破杭州城，守軍全面崩潰。面對如此局面，王有齡意識到大勢已去，先是嘗試服毒自殺未果，最終在後花園自縊身亡。李秀成進城後，安排棺木為其收殮遺體。

杭州失陷的訊息傳到京城後，言官顏宗儀、高延祜、朱潮等人先後上疏彈劾王有齡強行徵收捐款，引發民憤。清廷命令曾國藩進行調查。曾國藩在奏報中表示，王有齡在浙江期間確實存在官紳不和的問題，並且未能有效指揮軍隊，導致局勢惡化；但同時指出，在糧食耗盡、援軍無望的情況下，王有齡以身殉職，不失為忠貞之臣。因此，清廷下詔按照慣例給予卹典，並賜予“壯愍”的諡號，將其入祀昭忠祠，並在浙江、福建兩地建立專門的祠堂紀念他。

在這場災難中，一同遇難的還有學政張錫庚、提督饒廷選、總兵文瑞、署布政使麟趾、按察使甯曾綸、督糧道暹福、仁和知縣吳保豐等人。

：()古代歷史著名人物