招撫委員紳士馬椿齡、孫鈞也被逼殺。亮基因受到脅迫而不敢上報朝廷，只能以病為由請求離職。朝廷隨後任命劉源灝接任總督一職，但劉源灝遲遲未到，亮基便徑自離去。

五、任職西南

咸豐十一年（1861年），張亮基在湖北時，向朝廷上書陳述雲南的情況，並彈劾徐之銘的不法行為。恰逢布政使鄧爾恆升任陝西巡撫離滇，徐之銘唆使匪徒在路上殺害了鄧爾恆。此事發生後，朝廷罷免了劉源灝，並任命潘鐸為新的雲貴總督，同時命令張亮基前往雲南調查處理，督師剿匪。

張亮基上書請求朝廷頒發募捐文憑，以籌集軍餉，並招募了一千名勇士後，準備與潘鐸一同前往四川，希望藉助四川的力量補充軍餉和兵力。然而，當時四川的軍事狀況不穩定，無法提供足夠的支援。與此同時，張亮基的舊部林自清，當時擔任雲南提督，與徐之銘和馬如龍等人關係緊張，遭到回族民眾的敵視。得知張亮基在四川的訊息後，林自清擅自率領號稱一萬人的部隊進入四川，尋求效力的機會，但張亮基未能阻止。

徐之銘則唆使馬如龍等人公開表示拒絕張亮基進入雲南，雙方陷入長期對峙狀態。

到了同治元年（1862年），潘鐸率先抵達雲南上任，並請求暫時保留徐之銘以完成安撫工作。在此情況下，朝廷改命張亮基以總督銜代理貴州巡撫。不久後，徐之銘再次暗中煽動回族民眾製造動亂，潘鐸遭到殺害，雲南的局勢變得更加動盪不安。

同治二年（1863年），張亮基抵達貴州。當時，黃號、白號、苗族、教匪等各種勢力在貴州境內肆虐。張亮基指揮總兵沈宏富等人攻打遵義的螺螄堰，取得了勝利，並在上稽場殲滅了殘餘的匪徒。接著，他又命令總兵劉義方等人剿滅思南的教匪，收復了普安和安南。此外，他還連續攻破了在桐梓鼎城和水城廳馬龍胯活動的苗匪，並在黔西擒獲了匪首何潤科等人，使得萬餘人投降。

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同治三年（1864年），尚大坪的匪徒襲擊了省城，張亮基指揮沈宏富等人在城郊與之激戰，殲滅了大量匪徒，並收復了修文。總兵林自清和趙德昌攻克了龍里，並收復了興義，解除了清鎮的圍困，還收復了定番、廣順、長寨等城市，摧毀了龍泉、湄潭黃、白號匪的老巢，攻克了滇西衛城。

同治四年（1865年），張亮基繼續在貴州作戰，攻克了黔西的石阡、永寧、荔波等地。然而，貴州地貧瘠，財政困難，飢餓的軍隊時常要求發放軍餉，有時甚至出現譁變的跡象。張亮基既要安撫軍心又要防剿匪患，只能勉強維持局面。然而，他的下屬將領們多傲慢不馴，輿論對他也不利。侍讀學士景其濬彈劾了張亮基。張亮基反過來彈劾了總兵林自清、劉有勳，副將池有連等人，指控他們劫掠、扣押軍餉，並不服從排程。皇帝下令讓布政使嚴樹森調查彙報，張亮基再次上書為自己辯解，指出嚴樹森並未親自前往貴州，而是留在鄰省。最終，張亮基與嚴樹森都被革職。

六、晚年

同治十年（1871年），張亮基去世。在他去世後，湖南巡撫王文韶和貴州巡撫曾璧光分別上書請求朝廷恢復張亮基的原職銜，並提議在當地建立專祠以紀念他的貢獻。兩位巡撫的請求體現了張亮基在其任職期間對當地社會安定和發展所做的積極貢獻，以及他在百姓心中的地位。

直到光緒三十四年（1908年），湖南和貴州在京的官員們聯合上書，詳細列舉了張亮基生前為兩地民眾帶來的諸多福祉，請求追贈他以更高的榮譽。朝廷最終認可了他們的請求，追諡張亮基為“惠肅”！

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