爵在明代政治舞臺上扮演了舉足輕重的角色，尤其是圍繞國本問題的鬥爭，展現了他複雜的政治立場與策略。以下是這一時期王錫爵職業生涯的關鍵節點。

萬曆十四年（1586年），王錫爵擔任會試主考官，進一步鞏固了其在教育體系中的影響力。然而，真正的考驗出現在萬曆十六年（1588年），面對江南大荒，他請求減免稅糧，展現了對民生疾苦的關注。同年，王錫爵因政績顯著而被加封太子太保，但他謙遜地請辭，最終改封太子少保，體現了其淡泊名利的品格。

萬曆十六年（1588年），王錫爵之子王衡在鄉試中奪魁，引發輿論風波。王錫爵堅決為自己和兒子辯護，儘管王衡在複試中依舊名列前茅，但這起事件對王錫爵的聲望造成了一定影響。同年，他與申時行共同反對開礦的提議，顯示出對環境保護和國家長遠利益的考量。

萬曆十八年（1590年），國本之爭達到高潮。神宗牽著皇長子的手，暗示不會廢長立幼，但並未明確表態。王錫爵上疏力促神宗早立皇儲，以定國本，但收效甚微。

到了萬曆二十一年（1593年），王錫爵回朝擔任首輔，面對國本危機，他提出了“三王並封”的策略，企圖解決神宗的猶豫不決。這一舉動引發了朝野的強烈反彈，王錫爵成為眾矢之的，最終被迫撤銷提議。同年秋，王錫爵再次力勸神宗早定國本，強調皇長子的教育問題，觸動了神宗的心絃。

四、晚年

在萬曆朝的晚期，王錫爵的政壇生涯進入了最為複雜的階段。作為首輔，他奏請停止江南織造、江西陶器的繁重貢賦，減輕雲南的貢金壓力，甚至動用內庫資金賑濟河南饑民，這些舉措得到了神宗的全力支援，彰顯了王錫爵在處理政務時的務實與民本精神。

然而，正當王錫爵在朝堂上力圖推動改革之時，考功郎中趙南星的公正考核卻引發了一場軒然大波。趙南星罷黜不合格官員的行動觸及了內閣成員的利益，其中包括大學士趙志皋的弟弟以及王錫爵的舊屬，這直接導致了內閣與部臣之間的激烈衝突。神宗最終的裁決是將趙南星降級並革職，連帶一批為其申冤的大臣也被貶謫，這一系列事件令朝臣對王錫爵產生了極大的不滿，認為他是幕後主導。

面對洶湧的輿論壓力，王錫爵多次上書辯解，但收效甚微。在無奈之下，他連續八次上書請求辭去首輔之職，最終選擇了歸隱田園，遠離了朝堂的紛擾。七年後，皇太子冊立東宮，神宗特意派遣官員前去慰問王錫爵，表達了對這位老臣的深切懷念與肯定。

萬曆三十五年（1607年），神宗再次想起王錫爵，希望他能夠重新出山，委以重任。面對神宗的盛情邀請，王錫爵雖然感激，卻堅決辭謝。他對言官勢力的擔憂促使他向神宗建議，對待奏章應當保持一種超然的態度，這一言論激起了言官們的強烈反彈，舊賬新仇一併湧出，王錫爵的名聲再度陷入爭議之中。

最終，王錫爵選擇堅守自己的底線，拒絕重返政壇，他更加堅定了歸隱的決心。三年後，這位曾經的首輔病逝於家中，享年77歲。朝廷追贈他太保銜，賜諡號“文肅”，以表彰他一生的貢獻與美德。