一、嘉靖時期

嘉靖十三年（1534年），七月二十一日午時，王錫爵出生於太倉州一個書香門第，其父王夢祥為南京國子監監生，母親吳氏出身於富裕之家。王錫爵的降生伴隨著一群雀鳥在他家樓中鳴叫，當地人認為這是吉祥的徵兆，因而取名為“錫爵”，寓意著高官厚祿的未來。

嘉靖十七年（1538年），王錫爵開始接受教育，展現出了驚人的記憶力，被稱為神童。次年，他不幸感染痘症，病情危急，幸得母親吳氏日夜守護照料，最終得以康復。

嘉靖十九年（1540年），王錫爵隨父遷居至海濱，期間遇到了家族內兄弟爭奪家產的糾紛。一名兄弟試圖透過賄賂王錫爵來爭取其父的支援，但王錫爵毅然拒絕並將銀子丟入河中，表現出極高的道德標準。

嘉靖二十四年（1545年），王錫爵在一次清晨讀書時，突然寫下了“會元”兩個字並貼於房樑上，這似乎是對自己未來學術成就的預感。果然，一年後，年僅十三歲的王錫爵補博士弟子員，成為秀才，並因穿著破舊的青布鞋而受到督學御史馮天馭的關注。馮天馭起初誤以為王錫爵家境貧寒，但在得知其家境富足後，對王錫爵的節儉與謙遜表示讚賞。

嘉靖三十年（1551年），王錫爵與嘉定人朱氏結婚，朱氏是黃縣知縣朱邦臣的女兒。次年，他在科試中成績優異，文章被士人們視為典範，印刷成冊廣為流傳。嘉靖三十四年（1555年），王錫爵在科試中再次取得第一名的成績。

嘉靖三十七年（1558年），王錫爵參加了南京應天鄉試，以《春秋》科目獲得第四名。同年十一月二十一日，他的次女王桂（即曇陽子）出生。四年後，王錫爵赴禮部會試，被大學士袁煒和禮部右侍郎董份定為會試第一，即會元；在廷試中，他獲得第二名，被授以翰林院編修的職務。同年九月初九，王錫爵的兒子王衡出生。

嘉靖四十四年（1565年），王錫爵完成了三年的考核期，朝廷對其家族進行了封賞，包括其父王夢祥被封為編修文林郎，其母吳氏和妻子朱氏分別被封為太孺人和孺人。這年會試時，王錫爵被任命為房考官，但由於其弟王鼎爵參加考試，他為了避嫌，主動請求辭職。之後，王錫爵被派往開封公幹，順道歸家為父親慶祝五十歲大壽。

二、隆慶時期

隆慶元年（1567年），王錫爵被提升為經筵講官，負責向皇帝講解經書典籍。由於講解生動、見解獨到，他贏得了皇帝和內閣的嘉獎，顯示出其在學問上的深厚造詣以及在朝堂上的影響力。

隆慶二年（1568年），王錫爵的弟弟王鼎爵亦在科舉中取得佳績，中會試第五名，廷試賜進士第九名，進一步彰顯了王家的學識與榮耀。

到了隆慶三年（1569年），王錫爵被任命為南京國子監司業，負責管理南方的最高學府，顯示了朝廷對他的信任與器重。次年，他調任北京國子監司業，不久即升任右春坊右中允，成為皇太子身邊的顧問，其地位與影響力進一步提升。

然而，隆慶五年（1571年），王錫爵在朝中遭遇了挑戰。首輔高拱意圖削弱翰林院的獨立性，提出將午門內的史館遷出，王錫爵堅決反對，維護了史館的尊嚴與獨立性，但這也觸怒了高拱。隨後，高拱欲安排王錫爵主持武會試，王錫爵拒絕了這一安排，加之在太子讀書事宜上，王錫爵與高拱的意見相左，導致高拱對王錫爵產生了強烈的不滿。結果，王錫爵被調離京師，以右諭德的身份被貶到南京翰林院掌管翰林事務。

隆慶六年（1572年），穆宗駕崩，萬曆帝繼位，王錫爵的命運迎來轉折。新帝登基後，他被召回京城，擔任穆宗實錄的副總裁，負責編纂先帝的歷史記錄，這一職務不僅是對王錫爵學識的認可，也是對其政治地位的恢復。同年