。慈寧宮作為皇貴妃的住所，雖非皇太后專屬，但此舉已表明鄭貴妃地位的微妙變化。

然而，光宗逝世後，李選侍卻佔據了乾清宮，這引起了更大的爭議。李選侍曾試圖獲得皇后之位，其野心昭然若揭。給事中楊漣和御史左光斗等正直派官吏認為，李選侍不應繼續居住於乾清宮，以免干涉新皇朝政。他們堅決要求李選侍遷居，但此事爭辯數日未能決斷。方從哲等大臣起初試圖緩和處理，但在新皇帝登基前夕，劉一燝、韓爌等重臣聯合奏請，最終迫使李選侍移出乾清宮，改居噦鸞宮。

六、遭人彈劾

方從哲在明光宗逝世後，因紅丸案中的行為遭到了朝中眾多官員的嚴厲指責。御史王安舜首先發難，彈劾方從哲輕率推薦精神異常的醫生，並在事後給予獎賞，意圖掩蓋自己的責任。方從哲在回應中草擬太子的指令，僅處罰李可灼一年俸祿，這一處理方式並未滿足朝中對李可灼的懲罰預期。

御史鄭宗周隨後跟進，要求將崔文升交予司法部門處理，而方從哲則擬令由司禮監進行調查，這一舉措同樣未能平息朝中對崔文升的憤怒。隨著御史郭如楚、馮三元、焦源溥，給事中魏應嘉，太常卿曹王光，光祿少卿高攀龍，主事呂維祺等官員相繼上奏，指責李可灼的罪行應當嚴懲，而方從哲卻予以庇護，嚴重違背了國家法律。

給事 中惠世揚更是直接列舉了方從哲的十條罪狀和三條可殺的理由，指控方從哲獨攬大權七年，阻礙賢才，危害國家；在光宗去世時處理事務不當；在梃擊案中包庇奸黨；任意破壞詔書；縱容兒子犯罪；壓制言官；縱容 撫 臣失職；指揮軍隊作戰失利；欺騙皇帝，使輔臣蒙羞；以及代徵專賣稅，侵害國家和百姓利益。此外，惠世揚還指出方從哲在處理鄭貴妃請求封后一事上態度模糊；在李選侍凌辱聖母，導致聖母飲恨而死的問題上，方從哲收受賄賂，想封李選侍為貴妃；以及在崔文升用洩藥傷害先帝和李可灼進獻毒藥後，方從哲不僅未加懲罰，反而擬作賞賜。

這些彈劾奏疏上達 天 聽 ，皇帝雖然責備惠世揚的言辭過於激烈，但面對方從哲的多次請辭，始終採取了安撫和挽留的態度。即便在張潑、袁化中、王允成等人繼續彈劾方從哲的情況下，皇帝仍舊置若罔聞。直到當年冬天，給事中程注再度彈劾方從哲，方從哲感到形勢不容樂觀，遂極力請求離職，連續六次上奏請辭。

最終，皇帝任命方從哲為中極殿大學士，賞賜銀幣和蟒衣，並派遣行人護送他返回故鄉，以此結束了方從哲在朝中長達數年的輔政生涯。

七、晚年

方從哲的晚年並不平靜，尤其是在天啟二年（1622年），禮部尚書孫慎行對紅丸案的重新審視，將他推向了輿論的風口浪尖。孫慎行嚴厲指責方從哲在紅丸案中扮演的角色，認為他是謀害君王的逆賊，要求朝廷徹查此事。這一指控引發了朝野的廣泛關注，皇帝詔令朝廷大臣進行審議，而都御史鄒元標則公開表示支援孫慎行的觀點。

面對嚴峻的指責，方從哲上奏辯解，甚至主動請求削奪官階，發配邊疆，顯示出他願意承擔後果的決心。[3]然而，皇帝的安撫之詞並未能平息朝中的爭論。給事中魏大中催促九卿儘快做出決議，而多數朝廷大臣傾向於認同孫慎行對方從哲的定罪，僅有少數官員如黃克纘、王志道、徐景濂以及汪慶為方從哲辯護，詹事公鼐則保持中立。

大學士韓爌在此關鍵時刻，向朝廷陳明瞭紅丸案的前後經過，試圖為方從哲解脫。吏部尚書張問達與戶部尚書汪應蛟隨後聯合上奏，認為在緊急情況下，輔臣們探視病重的皇帝，實難有心懷弒逆之念，但同時也承認李可灼非醫官，用藥嘗試導致先帝駕崩，方從哲等人未能制止，確有失職之責。

最終，李可灼被遣往邊疆戍邊，崔文升則被貶至南京，而方從哲