熊文燦的能力時，熊文燦在宴席上誇下海口，表示若由他掛帥，鎮壓農民起義輕而易舉。儘管事後熊文燦意識到自己的言論過於輕率，提出了包括直接向皇帝負責、擁有絕對人事任免權等一系列條件，但這反而讓宦官相信他已有周密計劃。最終，宦官向崇禎帝推薦了熊文燦，1637年5月，熊文燦被委以重任，總理南直、湖廣、山西、陝西、河南、四川六省軍務，以兵部尚書、右副都御史的身份，肩負起鎮壓農民起義的重任。

三、鎮壓起義

熊文燦離開廣東赴任時，攜帶著家人、門生及一千名裝備火器的廣東籍士兵作為貼身護衛，這些士兵在他心中既是保護傘也是實施政策的工具。途經江西北部時，熊文燦偶遇了廬山的熟人，其中一位是後來聞名的天然和尚曾起莘。一行人拜訪了良師道獨，這位高僧警告熊文燦不要簡單地將對付海盜的成功經驗套用在鎮壓起義軍上，尤其是對降將的信任要謹慎。這番忠告，預示著熊文燦即將面臨的複雜局面。

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1637年11月，熊文燦抵達位於安慶的行轅，準備展開鎮壓農民起義的行動。他請求為隨行的廣東籍士兵配備馬匹，但朝廷卻調撥了左良玉麾下的六千騎兵給他，這在一定程度上打亂了他的部署。左良玉的干預使得熊文燦不得不遣返了隨行的廣東士兵，他們最終回到了熊文燦的家鄉蘄水，參與了當地的防禦戰鬥，直到幾年後才返回廣東。

1638年初，熊文燦的職責進一步擴大，他被賦予總領十二萬兵力，麾下有十位巡撫的支援。錦衣衛的數千官兵在宦官劉元斌的帶領下加入到了圍剿起義軍的行列。計劃是將分散的小股起義軍誘入湖廣北部和河南南部，集中力量予以殲滅。這場戰役耗費了大量資源，朝廷為此追加了鉅額的剿餉。

然而，熊文燦在執行任務時顯得猶豫不決，他傾向於採用和平手段而非武力解決起義問題。在安慶，他散發通告，承諾對投誠的起義軍予以寬恕。1638年2月，起義軍首領劉國能率部歸降，隨後更多起義軍響應。正當熊文燦面臨因未能如期平叛而受罰之際，張獻忠——起義軍中最具影響力的領袖之一——開始接觸政府，討論投誠事宜。這給熊文燦帶來了轉機，他的政策似乎開始見效，得到了朝中盟友楊嗣昌以及崇禎帝的認同和支援。

四、獲罪身死

熊文燦原本設想透過招撫張獻忠，利用其影響力來穩定局勢，然而他的決策卻成為日後動盪的伏筆。他不僅允許張獻忠繼續領導其部眾，還將他們安置在谷城作為屯軍，甚至從中選拔精銳編入官軍。然而，這一安排在缺乏有效監管的情況下，為張獻忠積蓄力量提供了溫床。熊文燦本人則駐紮在襄陽，距離谷城不遠，但顯然未能預見此舉可能帶來的後果。

1638年10月，龍在田率領的滇軍在雙溝取得重大勝利，迫使起義軍殘部逃往河南山區。此時，羅汝才也開始考慮向朝廷歸順，形勢看似一片大好。然而，清兵的入侵打斷了這一程序，導致左良玉的精兵被緊急調往北方，為起義軍提供了短暫的喘息機會。左良玉在1639年4月取得的勝利並未能阻止張獻忠的復燃野心，後者在6月突然襲擊谷城，殺害地方官員並大肆劫掠。羅汝才等部隨之歸附張獻忠，僅劉國能一人堅守對朝廷的忠誠。

8月末，左良玉在追擊張獻忠時遭遇慘敗，熊文燦因此事被解職，等待楊嗣昌接替其職務。同年11月，熊文燦在北京被捕受審，儘管有好友姚明恭在內閣的地位，卻無力挽回其命運。崇禎十三年（1640年）九月二十六日，熊文燦被處以極刑，結束了其充滿爭議的一生。

張獻忠在1643年初攻佔蘄水，報復性地屠殺熊文燦家族，唯獨熊文燦的長子熊曰繪倖存，一度避難於鄭芝龍處。熊文燦的悲劇性結局，