官軍不斷加強攻勢，孔有德、耿仲明等叛軍逐漸陷入困境。到了崇禎六年（1633年）二月，孔有德、耿仲明等人不得不放棄登州城，撤退到海上。明朝的將領黃龍、周文鬱等率各路官軍緊追不捨，使得耿仲明等人處於極其不利的地位。

耿仲明作為曾經投降後金的逃將，最初並不願意再次歸降後金，而是提出了修復南關、重建金州的建議，以此來贖回自己的過錯。然而，由於與黃龍之間的仇恨，耿仲明意識到除了投奔後金之外別無他途。同年四月，孔有德、耿仲明等人最終決定渡海來到遼東，歸降了後金。後金大汗皇太極親自率諸貝勒出盛京十里迎接他們，並給予了他們女真人最為隆重的“抱見禮”，顯示了對他們極大的尊重和歡迎。皇太極不僅授予耿仲明總兵官的職務，還將他們帶來的軍隊命名為“天佑兵”。

投降後金之後，耿仲明與孔有德之間出現了矛盾。耿仲明侵奪了孔有德的部分部眾，導致孔有德的部下向孔有德投訴。孔有德因此彈劾耿仲明。面對這種情況，耿仲明主動上書認錯，並請求將侵奪的部眾歸還給孔有德。皇太極對此事高度重視，下詔嘉獎孔有德，並命令耿仲明善待自己的部下，不得重蹈覆轍。當天，皇太極邀請二人入宮並設宴款待。

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不久後，皇太極再次派人賜予羊酒，並下達詔書，表達了希望耿仲明和孔有德能夠為國家效力的願望。為了緩解兩人之間的緊張關係，皇太極讓他們共同駐守遼陽。

崇德元年（1636年）四月，皇太極正式稱帝，並改國號為大清。在這個重要的時刻，耿仲明被封為懷順王，與孔有德、尚可喜一起被稱為“三順王”。在接下來的時間裡，耿仲明多次跟隨皇太極出兵討伐明朝以及攻打朝鮮，成為了清朝軍隊中的重要將領。

崇德七年（1642年）八月，皇太極將漢軍（烏真超哈）分為八旗，耿仲明被編入正黃旗。同年九月，耿仲明部下的甲喇額真石明雄彈劾耿仲明，指控他私自藏匿了松山、杏山的人口，並且為一些被依法處決的逃人收屍設祭，此外，他的部下還出現了濫殺無辜的情況。這些指控被查證屬實後，耿仲明被處以罰款一千兩白銀的處罰。

到了崇德八年（1643年）十一月，甲喇額真宋國輔、潘孝和石明雄等人密謀殺害耿仲明。耿仲明事先得知了這一陰謀，立即上報給了皇太極。皇太極調查核實後，下令將宋國輔等人斬首，並查抄他們的家產賞給了耿仲明，以此來表彰耿仲明的忠誠和警惕。

四、征戰南方

順治初年，清朝的軍事擴張勢如破竹，其中，耿仲明作為一位重要的軍事將領，在南方戰場上留下了深刻的印記。順治元年，他緊隨睿親王多爾袞的腳步，踏入中原，一路追擊農民軍領袖李自成，直至望都方止。隨後，他又轉戰陝西，協助豫親王多鐸徹底清掃李自成殘餘勢力，之後轉戰南方，投身於平定江南的戰役中，以赫赫戰功贏得了朝廷的嘉獎，並受命鎮守遼陽，穩固邊疆。

順治三年，孔有德被任命為平南大將軍，肩負起征討南明永曆政權的重任。耿仲明和尚可喜積極響應，率部南下，成為孔有德麾下不可或缺的力量。順治四年，耿仲明在牛皮灘與明將楊國棟展開激戰，憑藉卓越的指揮才能和將士們的英勇奮戰，他成功擊潰敵軍，並乘勝追擊，相繼攻佔了衡州、祁陽、武岡等地，生擒明將郭肇基，極大地震懾了南明政權。

然而，耿仲明在進攻廣西的途中遭遇了挫折。在全州，他遭遇了南明將領何騰蛟、瞿式耜等人的頑強抵抗，戰事陷入膠著，耿仲明不得不退守永州，暫時調整戰略。順治五年，局勢出現轉機，全州守將唐文曜、王有成歸降，清軍藉此機會再次發動攻勢，但桂林之戰中，他們再次遭遇南明軍的有力反擊，未能如願。最終，根據清廷的命令，孔有德、耿仲明和尚可喜