任為雲貴總督。彼時，湖南、貴州的苗民因不滿清廷統治而頻繁起義，使得這兩個省份陷入了動盪之中。福康安帶領的大軍正在該地區進行鎮壓，勒保隨即前往軍中效力，主要任務是安撫那些歸順的苗民，並負責管理軍需物資。

在勒保到達之前，雲南威遠地區發生了倮匪擾邊事件，他本打算前往剿滅，但倮匪很快就被平息了。不久之後，福康安和和琳先後病逝于軍中，清廷遂命令勒保與明亮、鄂輝共同接手軍務。然而，還未等到他們完全接手，湖北的白蓮教起義已經蔓延到了四川和陝西。

嘉慶二年（1797年）春天，勒保率軍與林之華、覃加耀所領導的白蓮教勢力在長陽黃柏山展開激戰。雖然福寧曾嘗試攻克黃柏山但未能成功，勒保隨後親臨前線，指揮會剿，最終取得了勝利。正當勒保準備乘勝追擊時，貴州南部的仲苗族卻發生了叛亂，王囊仙領導的苗民包圍了南籠府及其所屬的多個城市，甚至攻陷了冊亨，切斷了滇黔之間的交通。

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接到命令後，勒保迅速組織兵力應對。他首先下令總兵德英額、札郎阿、袁敏分別駐守東、西、北三路，以防止叛軍進一步擴散。同時，他還請求兩廣總督吉慶和雲南巡撫江蘭加強南邊的防禦。勒保親自率領按察使常明和副將施縉攻克關嶺，抵達永寧時，發現副將巴圖什裡已經解除了該城的圍困。接著，勒保率兵解救了歸化的圍困，並與提督珠隆阿聯手攻克永豐。隨後，勒保指揮總兵張玉龍和七格解除了新城的危機，並順利抵達南籠，成功解除了該地的圍困。清廷對 南 籠 的堅守表示讚賞，並賜名為興義。

緊接著，勒保派遣常明和施縉去解救黃草壩的圍困。與此同時，叛軍集中兵力猛攻捧鮓和永豐，情況危急。勒保及時分兵支援，首先解除了捧鮓的危機，然後親自率領常明和施縉進攻洞灑和當丈的叛軍巢穴。叛軍見勢不妙，點燃了自己的營地，試圖以此阻止清軍的進攻。但都司王宏信和千總洪保玉不顧烈火，勇敢衝入敵營，最終擒獲了王囊仙和韋七綹須，解除了永豐的圍困。與此同時，吉慶也從廣西趕來，協助收復了冊亨。

到了六月，仲苗叛亂終於被平息，清廷為此改永豐為貞豐，並賜封勒保為一等侯爵，號威勤。同年九月，勒保被調任為湖廣總督。此時，四川和湖北的叛亂形勢愈發嚴峻，叛軍內部設有不同的標識和頭銜，清廷多次更換指揮官但均未能有效控制局勢。最後，在宜綿的推薦下，勒保被任命為新的總指揮官，承擔起了平定叛亂的重任。

四、四川剿匪

嘉慶三年（1798年）正月，勒保抵達四川梁山，著手處理日益嚴重的叛亂問題。當時，各色叛軍在開縣聚集，其中白號王三槐、青號徐天德、藍號林亮工等勢力尤為強大。勒保首先針對石壩山的曾柳發起攻擊，併成功將其消滅，此舉被清廷視為入川以來的第一個重大勝利，勒保因此被任命為四川總督。

王三槐逃至達州後，與藍號冉文儔聯合，而林亮工依然盤踞在開縣。為了徹底解決這些叛軍，勒保制定了“堅壁清野”的策略，鼓勵民眾依靠山區地形優勢紮寨自保，並組織鄉勇進行訓練。這一舉措有效地削弱了叛軍的力量，同時增強了地方政府對叛軍的打擊能力。

在接下來的幾個月裡，勒保親自率軍追擊王三槐，歷經數次戰鬥後，叛軍被迫四處逃竄。到了五月，勒保成功誘騙王三槐投降，並將其擒獲送往京師受審，自己則被晉封為公爵。然而，王三槐的殘部仍然頑固抵抗，直到十月，他們才因糧盡而選擇假意投降，趁夜突圍。

進入嘉慶四年（1799年），徐天德被額勒登保擊敗後逃往新寧，與黃 號 王光祖匯合。勒保與額勒登保聯合出擊，迫使天德逃往墊江，而王三槐的殘部則逃向忠州。鑑於此前各路軍隊指揮權分散的問題，嘉慶帝特別授予勒