因為妨礙了農事，被中納言三輪高市麻呂強諫。這次行幸意圖是讓地方豪族們繼續協助藤原京的營造。

天武天皇生前為凡海氏皇后病癒而祈願，開始興建的大和國的藥師寺在持統天皇時期完成，持統天皇定藥師寺的寺格為願寺。

在外交方面持統天皇繼承天武天皇的政策，與新羅開展外交，與大唐沒有官方的外交關係。持統天皇不承認與新羅的對等關係，強迫新羅向日本朝貢。新羅因為當時與大唐對抗，所以不得以承認了這種不平等的關係，日本向新羅派遣了學問僧等留學生。持統天皇統治期間，高市皇子是太政大臣。高市皇子儘管母親的身份低微，但是在壬申之亂戰功卓著，據推測在政務方面也積累了聲望。高市皇子即使不是正式的皇太子，也是被眾人擁護的皇位繼承人的有力候補。

高市皇子在持統天皇十年去世。據《懷風藻》的記載，這時關於持統天皇之後的繼承人問題，持統天皇招集皇族、臣下商議，很多主張應該由天武天皇其他兒子繼承皇位，但持統天皇意圖讓自己的孫子輕皇子繼承，隨著葛野王對眾人一聲大喝，出了結果，持統天皇十一年，正式冊立輕皇子為皇太子。

持統天皇十一年，讓位於15歲的輕皇子，即文武天皇。日本史上，持統天皇是在世的天皇中繼皇極天皇之後第二個讓位的，並且是第一個太上天皇

持統上皇讓位後仍與文武天皇並座，處理政務。文武天皇時代最大的政績是大寶律令的制定、施行，也被認為是持統上皇的意志。但是，代替壬申之亂功臣的藤原不比等這些傾倒於大唐文化年輕人才崛起，持統朝受到打壓的刑部親王復出政壇，所以也有學者認為文武朝有了變化，不完全是持統上皇的意志所主導。

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