由於高迎祥在農民軍中名聲卓著，他的部隊的戰鬥力又最強，一場以圍殲高迎祥部為主要目標的軍事行動開始了。

河南明軍在巡撫李仙鳳的率領下，堵住農民軍由陝西折回中原的路，而陝西巡撫孫傳庭和三邊總督洪承疇部官軍，則充當圍剿高迎祥部的主力。

而這時候的高迎祥部退入陝南山區之後，在荒山野嶺無處覓食，人飢馬乏。為擺脫困境，他決定走小路進攻西安，給官軍來一個突然襲擊。

但高迎祥選擇的這條小路就是赫赫有名的子午谷。

在三國時，諸葛亮一出祁山時，魏延曾獻策子午谷奇謀，就是要透過子午谷奇襲長安。而諸葛亮因為此計太險而否決了這個奇謀。當然，最後因為馬謖失街亭而導致諸葛亮的一出祁山也失敗了，之後就埋下了諸葛亮與魏延之間的矛盾，發生了等等等等的故事。

在後世，很多事後諸葛亮都說如果諸葛亮本尊用了子午谷奇謀的話，也許就會在一出祈山的時候一統三國了。不過從高迎祥的結局來看，說明諸葛亮的決定還是很正確的。沒辦法，諸葛一生唯謹慎嘛！

而孫傳庭對此早有預料，所以他率領著賀人龍等部一萬四千人，在闖王高迎祥必經之路——周至縣黑水峪設定伏兵，準備以逸擊勞。

可是賀人龍根本就是居功自傲，一點也不把孫傳庭上任後編整出來的陝西新軍放在眼裡，導致了他與孫傳庭的關係急劇惡化。只因為孫傳庭需要賀人龍作為此次作戰的主力，所以孫傳庭才暫時忍住了這口氣。

七月十五日，高迎祥領著部隊果然到達了周至縣黑水峪。孫傳庭和洪承疇所部官軍也跟蹤而來，分別在十六日和十七日進抵周至，雙方立刻展開了激烈的戰鬥。

身處絕境的農民軍垂死掙扎，爆發出驚人的戰鬥力，於是在與官軍的初戰時告捷，擊敗參將李遇春部官軍。

但是高迎祥部的處境卻越發危急了。他們兵無糧草、身處絕地，整支部隊計程車氣變得極其低落。

而這時候的洪承疇就施出招降的一手，對農民軍進行了分化。而農民軍中的不穩定分子乾公雞張二、一斗谷黃龍等竟私下向總兵賀人龍接洽投降。

在第二天馬召原的戰鬥中，他們利用雨後大霧，高迎祥下馬張弓射敵之機，偷著把高迎祥的坐騎和部卒向南拉走。等到高迎祥發現這一陰謀時已經來不及了，只好脫下甲冑隱蔽在草叢裡，不幸被官軍俘虜。

高迎祥被擒的訊息使明廷大為振奮，崇禎皇帝得意之極，令把高迎祥押解來京獻俘，要陝西當局沿途撥兵嚴防，毋致疏虞。之後這位農民軍的首領在北京城被凌遲處死。

而高迎祥的部下就由他的弟弟高迎登率領繼續堅持戰鬥。但因軍力損失太大，特別是失去了像高迎祥這樣有威望的首領，士氣大為低落。之後李自成被部將擁立承襲了闖王，終於成為了天下農民軍名義上的總首領。

而隨著高迎祥的被俘殺害，對於當時在陝西作戰的農民軍是一個重大的打擊。首先就是掀起了一股投降風潮。當然，有的是真降，有的是詐降。

九月初，農民軍的兩位著名首領張妙手（即張文耀）、蠍子塊（即拓養坤）由徽州和秦州（今甘肅省徽縣和天水市）到鳳翔，嚮明陝西當局乞求招安。陝西巡撫孫傳庭親自招撫，張妙手當場就率部投降，蠍子塊也於次年三月至會城乞降。

而張獻忠也趁機流竄到了襄陽以西，就地休整。他在襄陽江神廟立起一根五丈高的木杆，上系尺書大字於其杪，旗上寫道：“吾欲見軍門口話便事。”並送去書信一封。

而新上任的湖廣巡撫苗胙土收到張獻忠的書信，說是要見巡撫，驚喜異常。即刻派兩位將官前往迎接，經過交談，約定八月正式歸降。苗巡撫信而不疑，又派出祝錫範等三人前往就有關事項進行具體