這實際上是一個無法審理的案子，但刑部主管侍郎東林黨人徐石麒恰好是一個堅定的反對和談派，一向是痛恨陳新甲，因而入之以重罪。

而崇禎皇帝也是惱羞成怒，又需要一個替罪羊為自己頂罵名，因而也動了殺心。首輔周延儒等人多次營救，引用律條說：“依據國法，敵兵不臨京城，不當殺大司馬（兵部尚書）。”崇禎皇帝卻回答：“別的不說，陳新甲任兵部期間。宗室親王、郡王被流賊屠戮的有七人之多，難道不有甚於敵兵臨城嗎？”

洛陽、襄陽等處失陷，福王、襄王等親藩遇難，都是一年以前的事情，如果以為兵部尚書有責任。早就應該處理，何必要等到和談的情況敗露之後呢？崇禎皇帝的這個藉口連最糊塗的人也不能相信。但在朝臣群起反對和談。皇帝又決心殺人洩憤的形勢下。陳新甲還是被判處了死刑，並且在九月就被處決。

擔任談判代表的職方司郎中馬紹愉不久也被削籍。陳新甲事件發生以後，對清方的和談也就徹底中斷，沒有人再敢提起同清方談判。

接著就是故意行動了：

餘繼所率的汝寧軍在鎮遠城站穩腳跟以後，開始了一系列對滿清和蒙古部落的軍事行動，以至於在遼東把包括明軍將領的所有人都給得罪了。

就在這樣四面為敵的情況之下。餘繼完全顯露出其“刺蝟”本色，甚至升級成為“豪豬”，讓遼東所有的人都感到了相當棘手。

餘繼所率的汝寧軍的具體事蹟將在後文敘述。但是他的行動，卻完全破壞了明清和談。

一開始。滿清對寧遠城邊上出現的這座城池還有些不以為然。甚至因為鎮遠城離寧遠城和山海關太近，而放棄了攻打這個新建的城池。

沒想到還就是這個城池給滿清帶來了麻煩，再加上汝寧軍歷來帶有的很強攻擊性，根本不像是其他明軍一樣，只會躲在城牆後白白度日。

可是這時候的清軍已經處在松錦大戰之後的休整了，並不能馬上派出大軍。再加上鎮遠城的所處位置確實很不利於清軍大軍行動，所以皇太極就想要在談判中獲取利益了。

滿清一開始嚮明朝提出要毀去鎮遠城。很明顯，不要說汝寧軍了，就是明朝朝廷也不會答應這個要求。接著，滿清就退後了一步，提出要讓鎮遠城停止軍事行動。

這倒讓明朝方面答應了下來，急於和談成功的談判代表馬紹愉甚至親自向鎮遠城下令，讓汝寧軍停止一切軍事行動，要為和談營造一個良好的談判環境。

可餘繼他們會理睬馬紹愉的這個命令嗎？鳥都不鳥。照樣是我素我行，依然在遊獵遼東。而這麼一來，也使得談判更艱難了。直到出現意外的陳新甲失密事件。

而明清之間本來就沒有什麼成功希望的和平談判，卻因為一次技術性的小事故和不支膽大妄為的地方軍隊偏師，而最終流產了。這說明了談判本身基礎的脆弱可憐。但停止了和談接觸，對於現在的大明朝來說，不但意味著失去了透過政治方式爭取暫時和平的最後一線機會，而且也失去了透過接觸瞭解敵情的唯一渠道。

除了和談，崇禎皇帝和朝廷當然也要解決軍事問題。首要考慮的就是軍事統帥。

在陝西總督汪喬年在襄城被俘身死後，一直作為圍剿農民軍的主力之一的西北軍沒有了統帥。崇禎帝在認真斟酌了可能的人選之後，決定重新任用原陝西巡撫孫傳庭。

孫傳庭自崇禎九年出任陝西巡撫起，開始主持一方的圍剿，而且表現出不同尋常的幹才。但這位能幹的統帥又是一個極其傲慢自負的人，也是少數敢於抵制崇禎皇帝自作聰明的大臣之一，因而很不討崇禎皇帝的喜歡。為此，孫傳庭也付出了代價，在崇禎十二年先是被撤職，而後又被逮捕，關在刑部的天牢中，一關就是兩年多。

直到崇禎十四年末，