同，常常引發教民和信仰支持者之間的流血衝突，甚至是戰爭。而且到了明朝末期（現在當然不是了）苯教和格魯派（黃教）的鬥爭已經到了不死不休的地步。當然這也與明朝中央政府忙於撲滅國內反對的怒火。對於差不多算是國外的戰爭已經無暇顧及，中央政府也是鞭長莫及沒有能力干預。結果自然而然地就爆發了戰爭。
不過就算明朝中央政府幹預，最多也就是將戰爭延緩幾年爆發，其根本問題是得不到解決，唯一解決的辦法，就是將戰爭爆發的雙發都繳了械，解散軍隊，改土歸流，建立府縣，將其完全納入朝廷管轄，當 然，又有誰願意交出手中的軍隊和權力，當一個無權無勢，還要時刻被朝廷處處提防地順民呢？
左良玉一到西北軍區，就如同一個小石子掉入了平靜的湖面，雖然並沒有太大的動盪，但是還是起了一圈圈的漣漪。
西藏地區被分為前藏和後藏，前藏地政治軍事中心是拉薩，格魯派的大本營，後藏的統治者是噶瑪噶舉派地封建主辛夏巴家庭族在後藏建立第悉藏巴•；丹迥旺波（時稱藏巴汗），首府日喀則城，對格魯派 極端仇恨，發誓要搗毀格魯派建立地甘丹、哲蚌、爭拉及札什倫布寺等寺院，與藏北部地白利土司頓月多吉結成聯盟，藏巴汗很快就取得了整個藏區的統治權（似乎當時地萬曆皇帝已經預設了這個政權，也無力阻止它的出現），在兩大軍事集團的巨大壓力下羅桑曲吉（後來的班禪四世）和五世**喇嘛不得不向外尋找有力可靠的盟友，他們本來想跟察哈爾蒙古部為依靠對抗藏巴汗和頓月多吉的聯盟，可恨的是林丹汗改信仰紅教，計劃落空後，羅桑曲吉和**不得不再一次尋找新的盟友，他們選中了駐牧在新疆地區的和碩特蒙部年輕的首領圖魯虎拜。
圖魯虎拜：蒙古語天資聰明之意。顧實汗十三歲時已成和碩特部首領，才智膽略過人，武藝騎射超群。他曾率領自己的軍隊擊敗了四萬多外族武裝軍隊，於是“威名大振，所向無敵”。二十五歲時，母親阿海敦去世，他為老母舉行了隆重的葬禮，乘機給部落百姓散發大批財物，贏得部眾的擁戴。明歷三十四年，和碩特蒙古與蒙古高原的喀爾喀蒙古發生了戰爭。這場兵之禍，給雙方人民帶來了極大的災難與痛苦。在這緊急關頭，顧實汗不畏艱險，挺身而出，他只率領幾個待衛大膽來到喀爾喀蒙古的汗張，曉諭大義，終於使雙方化干戈為玉帛，以和平方式結束了戰爭。由於他的威望和才智，得到了當時參與調解各方——藏傳佛教格魯派代表與蒙古諸部均有聯絡的東科爾活佛代表、喀爾喀各部首領等的一致尊敬，贈與“大國師”的稱號。從此，圖魯拜虎便以“顧實汗”（顧實為國師之轉音）聞名於世。
和碩特、準噶爾蒙古以及遷徙道俄羅斯伏爾加河畔邊上的衛拉特、土爾扈特、杜爾伯特蒙古都屬於漠西蒙古部落。
羅桑曲吉的**五世的行動都是在暗中進行的，但是這些都沒能瞞過情報司的眼睛，幾個化裝成其他教派的僧人攜帶密信前往衛拉特，將密信親手交給了四部衛拉特的盟主和碩特部汗王顧實汗，希望他承擔起新一代持教法王的重任，拯救黃教。
衛拉特此時內部矛盾重重，吐爾扈特部已經遠遷伏爾加河，準噶爾部的巴圖爾琿臺吉實力增強，對於作為盟主的和碩特部已經不再服膺，再加上人口的繁衍，畜群�