而首相堅持要成立國防部，也正是想透過控制軍費來控制軍隊，最終使軍隊完全由內閣掌握，成為政府手裡的工具。也正因為如此，在國防部部長的人選問題上，兩個司令官與首相的分歧就更為巨大了。

按照首相的意思，國防部是一個文職部門，國防部長也必然是文職官員。雖然，首相不排除由將領出任國防部長的可能性，但是有一個先決條件，那就是出任國防部長的將領都必須退役，即與軍隊解除關係，從而成為文職官員。雖然以文治武是發展的趨勢，但是在帝國曆史上，因為由文職官員管理軍隊而導致的災難數不勝數，所以陸海兩軍司令都不贊成首相的安排，認為國防部是管理軍隊的，那麼，就應該由將軍來擔任部長，而不是派個“秀才”來指揮軍隊作戰！

後來，這就引出了國防部的許可權問題，即國防部有沒有指揮軍隊作戰的權力，以及要不要由國防部來指揮軍隊作戰。可以說，當時還沒有幾個國家成立了國防部，而且在怎麼用文職官員管理軍隊的問題上也沒有多少經驗可以借鑑，帝國也只能摸索著前進。其實，這也成為了首相一直沒有正式確定成立國防部的主要原因。

後來的解決辦法大家都知道，而當初正是因為聶人鳳與嚴定宇的堅持，最終首相才向兩位司令官做出了妥協讓步。既然國防部是文職機構，那就不應該掌握軍隊的指揮權，而只掌握文職方面的權力，比如軍費，人事這兩項大權。軍隊的指揮權仍然得交給軍人，而不是“秀才”。不過國防部既然已經掌握了經費與人事大權，那麼軍隊就基本上由國防部控制，將領的地位降低了不少。

也正因為考慮到在戰爭期間，文職官員是不可能指揮軍隊作戰的。而在和平時期，軍隊必須要做好隨時打仗的準備。在此情況下，後來作為對國防部的補充，成立了總參謀部。與國防部完全相反，總參謀部是一個完全由軍人組成的部門，而且不屬於內閣政府部門，而是屬於軍事部門。在多方面的摸索與總結之後，帝國國防部與總參謀部的許可權有著明顯的區分，而且還有平戰之分。

平時，國防部是軍隊的主要管理者，負責軍隊的經費，人事，以及軍隊調動等重大事物，也就是說，在和平時期，軍隊基本上是由國防部控制的。總參謀部只負責針對各種有可能出現的戰爭預先制訂作戰計劃，並且負責軍隊的訓練，所需要研製與採購的裝備（後來這個權利也移交國防部），演習活動，以及與盟友之間的軍事交流。

戰時，國防部轉變為軍隊的總後勤部門，主要就是負責經費管理，裝備採購與維護，人事調動。總參謀部的許可權得到擊打的擴充套件，擁有策劃作戰行動，調動軍隊，指揮軍隊作戰等等作戰行動權。當然，是否進行這一轉變，是由首相決定的，而不是由軍人決定的，而且首相可以隨時收回總參謀部的權力！

當時薛希嶽搞的只是國防部，而真正成立總參謀部，還是下一任帝國首相的事情了。可也正是因為要成立國防部，海軍的體制就必須要進行改革，很多部門將併入國防部，而且很多機構也將取消，人員將大幅度裁減，有些將到國防部工作，而有些則將去別的機構繼續任職。不說別的，當時海軍司令部上萬名官兵的人事調整，這都足夠讓任何人頭痛的了。

需要進行體制改革的不僅僅是海軍，陸軍也面臨著同樣的問題。另外，陸軍在失去了航空兵之後，幾乎完全成為了一支“地面”部隊。相反，海軍肯定會保留航空作戰能力。而帝國陸海兩軍可以說是冤家對頭了，鬥爭了幾百年，陸軍自然不希望在自己被嚴重削弱的時候，海軍仍然保持著強大的實力，而新成立的空軍自然不可能成為海軍的競爭對手，到時候海軍一家獨大，那陸軍還怎麼生存？因此，就在薛希嶽提出成立空軍的時候，嚴定宇給首相送去了一份提議，即海軍陸戰隊也應該獨立出來，成為獨立的軍種，而僅