嚴嵩的另一黨羽鄢懋卿奉命欽差巡視浙江鹽務，事先曾明發通令，聲稱本院&ldo;素性簡樸，不喜逢迎&rdo;。這種官樣文章，原本是此類人物標榜儉樸以沽名釣譽的把戲，十足的既要做婊子，又要立牌坊。所以沿途官員都不當真，接待也極盡奢靡，所費自然都是民脂民膏。海瑞卻一本正經地上了一個稟帖，稟帖先是照錄鄢懋卿的通令原文，接著又說據悉欽差大人所到之處，接待逢迎與通令所言完全兩樣。不但要擺酒席，還要供應女人，每席耗銀三四百兩，連小便器都要用銀子打造。因此下官糊塗起來了，不知是按通令的要求做呢，還是照前面的樣子做？按通令的要求做吧，深怕簡慢了大人；照前面的樣子來做吧，又怕違背了大人體恤百姓的好意。因此懇請大人明示，到底怎樣做才好。鄢懋卿看了稟帖，一肚子火氣發作不得，只好不過嚴州，繞道而去。

海瑞如此直言抗命頂撞上峰，連欽差大臣都被弄得下不了臺，豈有不遭報復之理？果然，就在海瑞接到升任嘉興通判調令，正準備和新任淳安知縣辦移交時，袁淳在京彈劾了他。袁淳也是嚴嵩一黨，和鄢懋卿更是狐朋狗友。他作為巡鹽御史出巡浙江時，在海瑞那裡親身領教了簡慢的招待，還和海瑞大吵了一架，於是便彈劾海瑞&ldo;倨傲弗恭，不安分守&rdo;。只是由於曾當過海瑞上司的朱衡已任吏部侍郎，極力向吏部尚書嚴諷推薦，海瑞才在免職後又被調任興國知縣。

按說，像海瑞這樣不會巴結上司，還要老去惹是生非的人，能保住七品縣令的職位，已經是萬幸了。然而海瑞的運氣出奇的好。嚴嵩的倒臺終於引起一系列連鎖反應，人們開始對嚴嵩當權時的人和事一一進行清理和甄別。中國官場歷來就是以人劃線的。嚴嵩一倒，他所扶植任用的胡宗憲、鄢懋卿之流也得跟著完蛋。這些人既然被確定為壞人，那麼，當年反對過他們的人也就一律是好人。這也是中國政治鬥爭中最通用的邏輯，歷來如此的。海瑞以卑微之職公然對抗令人談虎色變的權臣，就不但是大大的好人，而且是大大的英雄了。於是，在擔任興國知縣一年半後，海瑞被調往北京，任戶部雲南司主事，官階正六品。

戶部主事，是一個不大不小、不上不下的職位。正如黃仁宇先生所言：&ldo;大政方針出自堂官尚書侍郎，技術上的細節則為吏員所操縱。像海瑞這樣的主事，根本不必每日到部辦公，不過只是日漸一日增積做官的資歷而已。&rdo;

然而海瑞是一個閒不住的人，想做事的人，喜歡琢磨問題的人，對國家對君主認真負責的人，也是個只知進不知退的人。既然沒有小事可做，那他就只好去考慮大事。他現在已經進入中央政府（儘管職位低得可憐，離所謂中樞還十分遙遠），不再是一個有侷限的地方官，很可以站在歷史和全域性的高度思考一些問題了。而且，與那些自命不凡、以天下為己任的儒生一樣，海瑞認為他應該對時局和朝政發布自己高屋建瓴的見解，而國家的現狀又十分地令他不能滿意。不但離孔夫子他們設計的唐堯虞舜般太平盛世相距甚遠，而且簡直就是危機四伏。海瑞覺得自己不能沉默。一股正義感和使命感從他心中升起。他決定發起進攻。這一回，他把鬥爭的矛頭直接指向了當今皇上。

嘉靖四十五年（公元1566年）二月，也就是海瑞進京一年半以後，這位&ldo;位卑未敢忘憂國&rdo;的六品司員，向嘉靖皇帝呈上了《直言天下第一事疏》。海瑞深知當朝的這位皇帝是隻聽得進好話聽不進批評的，因此開宗明義就說一個皇帝是否夠格關鍵就在於能不能讓臣民知無不言，言無不盡。接下來，他便對嘉靖本人進行誅心剖骨的批評。他指出，如果拿漢文帝劉恆和當今聖上相比，則聖上的&ldo;天資英斷&rdo;，要遠遠超過漢文。然而聖上的仁德政績，比起漢文來，卻差得很遠。