在六大副本火熱進行的同時，新的劇情也在發展。木星帝國也有了新的總統光之卡利斯托。

光之卡利斯托是歐羅巴·德卡契的弟弟，原總統格拉克斯·德卡契的小叔，在格拉克斯·德卡契陣亡後，成為木星帝國的新總統。

光之卡利斯托還有一個弟弟影子·卡利斯托。和哥哥光之卡利斯托一樣，具有非常強大的NT能力，在軍隊中擔任高階指揮官。

提到這兩兄弟就不得不提到歐羅巴·德卡契。歐羅巴是企圖毀滅地球的格拉克斯·德卡契的後妻。外貌出眾，身材火熱，有著一頭雪白的長髮，是一個不折不扣的御姐角色。

在格拉克斯死後，光影卡利斯托兄弟掌控了木星帝國的大權，並且秘密進行神之雷計劃。

歐羅巴得知神之雷計劃是用殖民衛星炮轟擊地球的時候，歐羅巴選擇了反抗，為了對抗卡利斯托兄弟。歐羅巴找到了託比亞。

託比亞的愛人貝娜提對於自己這位繼母接近託比亞非常反感。但是心懷大義的託比亞決定幫助地球度過危機。

託比亞準備找自己的師傅西布克出山，但是西布克在地球和貝拉已經育有兩個孩子，在瞭解了西布克的情況之後，託比亞放棄了讓自己師傅重回戰場的念想。

轉而尋求地球聯邦的幫助。在曾是地球聯邦軍的王牌機師，已經接近60歲的鈴木稔策劃下，以七臺MS組成突擊小隊進行超長程閃電攻擊的作戰計劃正式啟動。

鈴木稔和託比亞開始籌備這七個人選。首先鈴木稔和託比亞是算在內的。託比亞又遊說了已經和木星帝國徹底決裂的死亡烈風隊的加入。

小隊成員一下子就達到了5個。鈴木稔讓地球聯邦軍的王牌機師哈里森也加入了小隊。而後鈴木稔把最後一個人選定為了歐羅巴。

在鈴木稔眼裡，歐羅巴面對神之雷計劃展現出的決心和韌性，足以讓歐羅巴勝任這一角色。

但是連歐羅巴自己都不知道，卡利斯托兄弟能洞悉歐羅巴的內心想法。在七人隊集結起來的時候，卡利斯托兄弟就已經知道了。

主力小隊已經籌建完畢，剩下的就是戰艦問題，圍繞著先鋒女王號和小灰號打造的突擊艦隊正式成立，並且向著木星進發。

在征途中眾人不斷熟絡，貝娜提對歐羅巴接近託比亞的行為非常不滿，但是隨著離木星越來越近，加上歐羅巴的不斷提醒。貝娜提對自己的身世有了另一種看法。

她是木星帝國的公主，引導木星走上正軌是她的責任，現在卡利斯托兄弟輕易的奪得木星帝國的控制權，一定程度上是因為她不在木星。

為了糾正錯誤，貝娜提決定用自己的方式戰鬥，那就是重回木星。但是這樣就會讓她離開心愛的託比亞。

眼看戰火就要重燃，貝娜提沒有和託比亞說，獨自踏上了回木星的旅程。

在貝娜提剛離開不久，卡利斯托兄弟派來的先鋒就襲擊了託比亞等人的艦隊，帶隊的人正是影子卡利斯托。

隨著劇情推進到位，官方在6大副本結束後，順勢開放了新的戰役模式《第二次木星大戰》