運進中國之煤炭、棉紗及一切棉貨概不加稅，尤與英約相背。中國不允。惟第三款川江設施拖攬，第四款內港行輪及修補章程，第七款中、日商民合股經營，第八款保護商牌，第九款改定國幣，均為英約所有，允之。又於商牌款內議增保護版權一事，內港行輪款後議增照會宣告，往來東三省輪船亦系照內港章程辦理，不能駮拒。此外第五款索開各處口岸，第六款口岸城鎮任便居住，第九款第二節釐飭度量權衡，第十款請運米穀出口，均駮拒不允。日使內田康哉赴部晤商，又提出北京開埠、加稅免釐、米穀出口三條，欲在京與張之洞議，餘仍歸滬定。時之洞在京，外務部答以不能兩處分議，遂暫停。

十月，漢口因議給比利時界增日本租界。初，日本索租界三百方丈，止允給一百方丈，留二百方丈備中國公司之用。當時日使言明，日界外地如別有餘地讓給他國，日本仍須照原議添索二百方丈。茲議給比界中僅餘地約三百丈，擬添給日本租界一百五十丈，仍畫留約一百五十丈立作華業公司地界，以備中國官商自用。日本猶爭不許。日本議設兩湖輪船公司，欲華洋合股，不果。是月，撤駐氵扈日兵。

尋複議約。日使內田康哉與張之洞在京會議，研商數月，始漸就緒。即致總署，謂我所索允者三事：一，照各國一律加稅；一，查禁違礙書報；一，中國人民在日本者，極力優待。駮辯刪去者三事：一，請運米穀出口；一，口岸城鎮任便居住；一，常德府等九處口岸。以要索為抵制者一事：各國護路護館兵隊全撤後，北京方能開埠。因有益於中國商民，可除積弊，而許其入約者，度量權衡一款；照滬議原文增改字句者，改定國幣一款，內港行輪一款，川江設施拖攬一款；因英已有而許其入約定議者，長沙通商一款。餘皆仍照滬議原文。又致外務部及呂海寰等，謂日約東三省開埠，言明悉照美約文法，惟安東縣改大東溝，緣大東溝系日本原議所索。嗣增索安東縣，再三商駮，內田始允仍將安東縣刪去。遂定議，於二十九年八月十八日在滬畫押，是為日本商約。是年與日使議索還前借漢口大阪馬頭，仍未還。又盛宣懷與日本立漢冶礦石借款合同，數三百萬元，息六釐，預定三十年還清，不還現銀，以礦價扣還。

三十年，日商三井在漢廠購生鐵一萬六千頓，值日俄戰起，中國慮於局外中立有礙，擬阻止。會日本領事永瀧來函，謂訂運生鐵，不在戰時禁貨之列，日使亦來函宣告，作為商工製造之用，不得以禁貨論，遂許運。三十一年，日戰勝俄，兩國議和，政府令外務部照會日、俄，謂關涉中國之事，若中國不與聞者，中國將來斷不承認。是年十一月二十六日，外務部慶親王奕劻與日本大使小村壽太郎、公使內田康哉訂新約。正約三款：一，凡俄國允讓之利益，中政府悉承諾之；二，凡中、俄所訂借地造路等項，日本悉照約履行；三，此約簽字即便施行。附約十二款：一，中國將東三省自行開闢商埠；二、三，撤兵事宜；四，日本允將所佔公私產業，在撤兵前後交還；六、七、八，安奉、南滿鐵道建築事宜；九，另訂奉天日本租界辦法；十，鴨綠江右岸設中日木植公司；十一、十二，中、日彼此以最優國相待遇。

三十二年，日人設立南滿洲鐵道株�