標基因的上游存在一個特定的短的鹼基序列，稱之為pAm序列（對於最廣泛使用的cRISpR-cAS9，一般為NGG，其中N為任意一種鹼基）。如果實際操作中靶標基因片段上游到處都沒有pAm序列，則cRISpR-cAS系統無法發揮剪下作用。這種情況也可以叫做脫靶。