京都的官場上頻繁活動，徇私受賄，一面為朋友同黨安排好職位，一面對結過夙仇的人痛下恨手。

在吳昌時代理文選郎中的當月，正值例行的科道外轉，就是在給事中和御史中挑出幾個人出京作地方官。科道出京照例是要升官的，但通常還是被認為是很吃虧的事，因為給事、御史不但在京中頗有勢力，而且隨時可能升為京卿，前程無量，而一入外官之流，遠離朝廷，前途就十分暗淡了。

何況此時正是天下多事之秋。外轉為地方官，天知道會落個什麼下場。因此科道們全都不想被外轉出去。按慣例，每次科道外轉都是給事中一人，御史兩人，但這一次吳昌時偏要殺一殺言官們的威風，一下子外轉了四個給事中和六個御史。大多數言官為此相當憤慨，但當時吳昌時的後臺太硬，只得隱忍。

可是隨著周延儒的失寵和鄭三俊去職，陳演等人又正在煽動一起摧毀周延儒在朝勢力的風潮，言官們的積怨終於爆發出來。再加上吳昌時平日招搖太甚。得罪的人很多，才有了這次對他的集中攻訐。

明朝的官僚向來彼此撕咬不休，但許多人共同攻擊一個郎中級的小臣的事件卻極為少見。崇禎皇帝正在邪火上撞的時候，見到劾書上有同首輔勾結操縱朝政、與宦官暗通聲氣及洩露機密等重大內容，立即對這宗案件表現出病態的關注。

在這時候。崇禎皇帝還收拾不了躲在通州大營的首輔周延儒，那就先收拾周延儒的首號爪牙——吳昌時吧！

崇禎皇帝執政從來就有一個保守機密、慎之又慎的原則。最忌諱宮中與外間。內閣與部僚互通訊息。平日裡有關重大事宜的本章發往內閣，他都是親自密封在黃絹小匣中，親筆在封條上寫好“某日某時送閣”；內閣票擬之後，原本章連同票籤再放在原來的小匣裡，由閣臣密封“某日某時某臣等謹封”，再由他親自啟封。

這一套繁瑣的辦法。就是怕內臣或是中書一類辦事人員有意無意瞭解了機密，洩露出去。而這個膽大妄為的吳昌時竟然既勾通內閣又勾通太監，覬覦大密，暗操朝政。這還了得？

為了不讓手眼通天的吳昌時得到訊息，他沒有把攻擊吳昌時的劾疏發往內閣，因為怕內官見了也會走露風聲，劾疏就一直裝在自己的袖子裡，趁著身邊沒人才親自批旨：立即將吳昌時除名，聽候審判。

崇禎皇帝在處理吳昌時案時表現出的極度小心謹慎，實在有點疑神疑鬼，小題大做。但他自己卻真是很鄭重其事的。他平時親自批的御旨，字都是真草相間，唯獨這一次批旨全用楷書，無形中也反映出他當時的心態。

皇帝如此鄭重，這樣如臨大敵，吳昌時要想躲過這場災難已經不可能了。四月，崇禎皇帝再次在中左門平臺上升堂斷案，親自審訊吳昌時。

這次審訊一派殺氣騰騰，內閣、五府、六部大臣以及京卿、科道官員全部被召入，崇禎皇帝身著素服角帶，更是一副要殺人的氣勢，太子和定王也隨侍在身旁。

在此之前，錦衣衛密探已經向皇帝報告了周延儒與吳昌時狼狽為奸、納賄營私的種種劣跡，圍在崇禎皇帝身邊的大太監們也摸準了他的脈，用真真假假的“事實”向周延儒大潑髒水，因此他在心裡早已拿定了主意，審訊不過是為了耍耍威風，出出惡氣。

沒想到，吳昌時卻是個硬骨頭，對於所有指控一一辯解。崇禎皇帝特別痛恨吳昌時罪款中的“通內”，因為宦官內臣是他自己的家奴，卻被朝臣中的小人利用，實在是情理難容。但吳昌時卻說：“祖宗之法，交結內侍者斬。此法最為森嚴，臣雖不才，哪裡敢觸犯？”

崇禎皇帝喊來揭發吳昌時通內的御史蔣拱宸，要他當面對質。誰知蔣拱宸已經被周圍的氣氛和吳昌時的強硬態度嚇破了膽，伏在地上渾身哆嗦，一句話也說不出來。崇禎皇帝被氣得幾乎也要發抖