1955年以後。自民黨5次提出《靖國神社法案》，要求將靖國神社改為“特殊法人”，試圖將之國營化。1974年，由於日本社會的反對才沒有成功。沒想到在1978年，居然有14位經遠東國際軍事法庭審判的甲級戰犯供奉在靖國神社。分別為：東條英機、土肥原賢二、松井石根、木村兵太郎、廣田弘毅、板垣徵四郎、武藤章、松岡洋右、永野修身、白鳥敏夫、平沼騏一郎、小磯國昭、梅津美治郎、東鄉茂德。

在正殿的神座（安置神體的地方）原本只有一座。戰後，為了祭祀於原臺灣神宮及臺南神社的北白川宮能久親王和祭祀於蒙疆神社（張家口）的北白川宮永久王。重新設立了新神座，因此現在有兩神座。

1966年日本厚生省將含有遠東國際軍事法庭判決的甲級戰犯的祭祀名錄，交給靖國神社宮司（即負責人）筑波藤磨，但筑波沒有把他們供奉上去合祭。二戰後，日本天皇每年都要參拜靖國神社。但自從1978年甲級戰犯被列入神社供奉，裕仁天皇因為不滿神社供奉二戰甲級戰犯，自1978年後再也沒有正式參拜靖國神社。

當中國國務院總理周總理與日本內閣總理大臣田中角榮談判恢復中日邦交時，基於中國需要日本援助、希望與日本恢復邦交併要求日本跟臺灣斷交的政治考量，周總理提出所謂“戰爭責任在於日本軍國主義者身上。而不在日本人民身上，日本人民是戰爭受害者”的戰爭責任二分論觀點。中國在國內進行二分論觀點的政治教育，儘量避免安排日本人到抗日名勝古蹟去參觀，以促進中日雙方的友誼，但沒想到日方居然做出了這種挑釁中國人民族感情的事情。

日本國內對於領袖或官員參拜靖國神社亦有在贊成及反對的態度，許多人認為官員只能在非公務時間以私人身分參拜，前往參拜時並不得利用公務車或其他行政資源，否則就是違背了政教分離的精神。

日本宮內廳長官富田朝彥1988年4月28日筆錄昭和天皇本人對合祭甲級戰犯後不再參拜的解釋：“我曾聽說。有段時期一些人提出要合祭甲級戰犯，甚至包括松岡和白鳥。好在筑波對此謹慎處理”，表示贊同1966年靖國神社宮司（即負責人）筑波藤磨從日本厚生省接過甲級戰犯的祭祀名錄後，並沒有把他們供奉合祭的做法。昭和天皇表示反對戰敗時期的宮內大臣松平慶民的長子松平永芳作靖國神社宮司時候在1978年10月把東條英機等14名甲級戰犯偷偷移入靖國神社合祭的做法：“松平的兒子怎麼想的，松平強烈希望和平，我覺得兒子太不懂父親的心了”，“所以。我在那以後就不去參拜了，那是我的真正想法”。

有人認為參拜靖國神社是基於個人信仰和日本的文化傳統，別國不應該對此說三道四、干涉日本內政，“向為國捐軀的英靈致敬是理所當然的”，“雖然存在甲級戰犯問題。但人一死都會成佛”。這番話在日本國內獲得相當程度的附和。

日本右翼政治勢力認為，日本昭和天皇1978年開始放棄參拜靖國神社與甲級戰犯合祭沒有因果關係。

右翼政治人物說：“世界上拿靖國神社說三道四的，只有中國跟韓國”。他們認為靖國神社就像中國的八寶山公墓、人民英雄紀念碑一樣，都是紀念為國犧牲的人，不應該拿不同的標準衡量參拜一事。

日本外務省官員曾說，希特勒的侵略性質“學術上尚無定論”，因此靖國神社祭祀的戰爭罪犯的性質也尚無定論。神道政治聯盟，“神道死者全部成為神，外國的干涉是對日本文化的否定。”

日本右翼勢力表示：“為什麼中國政府在靖國神社問題上總是糾纏不清？難道是想讓日本難堪嗎？在很多方面，靖國神社就像（美國的）阿林頓國家公墓一樣。因此我認為任何人去祭奠英靈都是理所當然的。”他認為：“對甲級