為明王，有一王二後，麾下三大宗主，以及五旗令主，徒眾多達數千人，分散於各地。

在元順帝至正年間，河北、河南、山東、四川、湖廣、江西、浙江、廣東、福建、雲南等地，不斷地發生民變，大大小小，總計有三百餘次之多。

當時，官方稱之為民變，而歷史上則稱為民眾起義！

在這些此起彼落的起義行動中，位於黃河南北、長江流域以至東南沿海地區的武裝起義，是以明教、彌勒教、白蓮教等宗教組織揉合起來發動的。

當時，北方以廣平府永年縣白鹿莊莊主韓山童為主，南方以袁州南泉山慈化寺主持彭瑩玉為代表，他們竭力鼓動信眾，倡言天下即將大亂，因為“明王出世”、“彌勒降生”，為了拯救世人於水火之中，要民眾起義抗元。

至正十一年五月，明王韓山童在穎州與日宗宗主劉福通聚徒眾三千，歃血為盟，高舉義旗，發出討元檄文，準備起兵，不料事洩，韓山童遭擒被殺，其妻楊氏和子韓林兒走避武安山中，當時，追隨他們身邊的便是聖門徒眾。

當時劉福通等率五旗令主及麾下徒眾，苦戰元軍，殺出重圍，並且出其不意的攻佔了穎州，於是貧苦的民眾以及當時被逼著修河的民夫，也紛紛殺官起義，前來會合，於是聖門聲勢大振。

到了九月，聖門大軍攻下信陽、汝寧、光州、息州等地，隊伍擴充至十萬餘人，由於這批人馬由五旗令主中的火令令主作為主力，所以最初的徒眾是頭扎紅帕，身穿紅衣，打著紅旗，所以被稱為“紅巾”或“紅軍”。

至正十二年二月，郭子興、孫德崖等人起兵於濠州，也是仿照紅巾軍的裝束，不過這批人供奉彌勒佛，每夜燒香拜佛，故又被人稱之為“香軍”，當時，這批起義軍隊，活躍於江淮之間，黃河兩岸，而郭子興其實亦是月宗子弟，屬於月宗一脈，後被升為月宗宗主。

在大元至正十一年八月時，星宗宗主，彭瑩玉和徐壽輝、鄒普勝、倪文俊等於黃州、蘄州起義，亦稱紅巾軍，並且建立政權，以徐壽輝為皇帝，國號“宗”。

不過到了至正十三年春天，彭瑩玉率部和元軍激戰，結果大敗，退入江西饒州及瑞州。

十一月，彭瑩玉戰死，被俘之將相兵士四百餘人，徐壽輝率殘兵敗率退入沔陽湖中，其中也有一批人藏匿於黃梅山裡，準備東山再起。

大元至正十五年二月，劉福通等聖門徒眾，迎立韓林兒為帝，稱為小明王，確立其明王之位，國號宋，建都於毫州，建元龍鳳。

此後三年裡，紅巾軍兵分三路，大舉進攻，東路由水旗令主毛貴率領大軍，連破山東廖州，萊州、莒州、濱州等地。

中路由土旗及金旗令主率軍，首先進擊大名府，之後越過太行山，進入山西，攻下潞州、高平、除州等地。

至於西路軍則由木旗令主李仲賢率大將白不信進窺關中，攻秦隴一帶，不過在進入鳳翔時陷入重圍，潰敗之後，李仲賢聚集舊部，進入蜀境，據成都一地，改扎青巾，自號“青巾軍”。

龍鳳四年二月，水旗令主毛貴所率之東路軍，攻克濟南府，大敗元軍，乘勝揮兵北上，直抵天津，直逼元朝大都北京。

而中路軍也發動攻擊，直取山西、河北，攻下了元朝的上都。五月間，劉福通率火旗令徒眾，統領大軍，攻下了汴梁，於是迎來小明王韓林兒，以汴梁為都城。

至此時，中原地區，差不多有三分之二為紅巾軍所控制，也是聖門勢力最盛的時期。

不過，在這段時期裡，各地的豪強地主，也趁著元朝的統治勢力極度削弱之際，擴充套件各自的勢力範圍，割據一方，紛紛成立所謂的義軍、鄉軍、民軍。

此後數年中，各地的義軍和鄉軍，為了爭奪地盤而爭戰不休，而紅巾軍中則是龍蛇混