與此同時，因為袁崇煥的開門揖盜，導致了長城防線崩潰，京師被圍的“己巳虜變”。為了應對後金軍的長驅直入，朝廷在驚慌失措之下頒發了天下勤王令，強行將數萬精銳西北邊軍從山西、陝西調往京師，陝西巡撫劉廣生無奈之下暫停剿匪諸事，急忙率領親軍赴京勤王，結果造成了陝西的兵力空虛。

於是，無數“已降”的饑民流賊趁機再度舉旗叛亂，小股流賊或明或暗割據層巒溝壑之間，一旦官軍來剿就四處流動，如水銀洩地，難尋蹤跡。大股流賊因為陝西無糧可搶，開始越過黃河殺入山西。繼而又向河南、北直隸甚至山東不斷滲透，一邊避免跟官軍正面交鋒，一邊展開避實就虛的運動戰。

到了這一步，招撫之策已經無法進行下去，朝廷改用剿殺策略，到處鎮壓民亂。此時的流民軍還很弱小，組織更是渙散，官軍很容易就將這些烏合之眾擊敗，戰事呈現一邊倒的情況。但是由於流民軍分佈廣泛，數量眾多，而且流動性大，官軍的這些勝利並沒有解決問題。任何一場戰鬥或是任何一支流民軍的失敗，都無礙大局，改變不了日趨惡化的戰局。接下來發生的裁撤驛站事件和新一輪邊軍譁變，使得大量的失業郵差（例如李自成）和邊塞逃兵加入到流寇的隊伍之中，進一步壯大了西北流民軍的隊伍。

但明朝畢竟樹大根深，不是輕易能扳倒的。新任三邊總督洪承疇以鐵血手腕治軍，極端殘酷地大肆屠殺饑民，終於一度扭轉了陝西亂局——這個人是徹頭徹尾的實用主義者，手狠且心黑，跟成吉思汗很有共同語言，對於西北亂民如麻的糜爛時局，他的解決對策只有一個字：殺！把人都殺光了，天下就沒事了！

崇禎四年上半年，洪承疇打贏了河曲之戰，殺了陝北流寇總盟主王嘉胤，之後又逐步清理了陝北的其餘各路流民軍，無論壯丁還是婦孺老弱，一律殺光，逼迫得他們在陝西無處存身，紛紛渡河竄入山西。

結果，在陝西“匪患”逐步平息的時候，山西的局勢卻是越來越亂。到了崇禎五年的春天，至少有二十萬流寇活躍在呂梁山、太行山之間，山西、河南、北直隸三省不少府縣全都飽受滋擾。

但此時的北京朝廷忙於應對遼西的大淩河之戰，以及又一次破關南下的韃虜偏師，之後又要對付登州叛變和山東聞香教大起義，非但沒辦法從別處組織援軍，增強山西的兵力，反而還得從山西抽調兵力勤王和援助其它戰場……而這些兵力多半都一去不復返，導致山西的防務變得異常空虛。

於是，雲集在山西各處偏僻山區的數十股陝西流寇，便聚集起來進行會盟，商討下一步的進攻方向，結果卻是互不相讓，最終只得分兵兩路，各自展開了大行動。其中一路由王嘉胤死後的新任盟主王自用率領，從呂梁山南下河南，招募黃泛區的災民壯大聲勢，準備一口氣席捲中原。另一路流寇集團則推舉自號“闖王”的高迎祥為首領，準備傾盡全力強攻省府太原，奪取囤積在城內的大量糧餉物資。

另一邊，當時的山西巡撫許鼎臣，比起三邊總督洪承疇差了太多，總的來說是個自詡為兵法天才的水貨——為了平定流寇，他想盡辦法從陝西、甘肅、寧夏拉來了一些兵馬，光是總兵就有三個，卻完全沒考慮這些互不統屬的部隊如何配合，也沒準備好後勤供給，好像這些外省官軍只靠喝西北風就能打仗似的。

更糟糕的是，這位許鼎臣巡撫因為讀過幾卷兵書的緣故，還跟後世蘇聯派到中國工農紅軍當顧問的李德同志一樣，喜歡坐在千里之外的陝西巡撫衙門裡，對著錯誤百出的古代地圖排兵佈陣，把部隊整天調來調去，指揮得亂七八糟，往往還沒等他布出個形狀，官軍就已經走路走得累垮了，而流寇也殺上門來了。

最要命的是，此時正值太原守軍因欠餉而譁變，繼而爆發內訌，從城裡到城外殺得人頭滾滾。高迎祥卻