艇直衝向橫跨江面的鐵鏈，用斧頭砍斷固定鐵鏈的掛鉤，並點燃爐火將鐵鏈燒紅後予以斬斷。與此同時，彭玉麟指揮舢板小船猛烈攻擊敵方炮船，為孫昌凱等人的行動提供掩護。鐵鏈一旦被切斷，楊嶽斌即率部順流而下，直至武穴，然後放火燒燬沿途遇到的所有太平軍船隻。得益於適時颳起的東南風，大火迅速蔓延開來，共摧毀了四千餘艘敵艦，並俘獲五百餘艘。為了避免士兵因貪圖戰利品而渙散軍心，彭玉麟下令焚燬所有繳獲的船隻。隨後一天，太平軍自焚營地，撤離田家鎮，向東退往黃梅。湘軍趁勢追擊，彭玉麟所部甚至推進到了九江府附近的江面。此次勝利使湘軍水師聲名遠揚，清廷賜予彭玉麟巴圖魯稱號，並要求各地水軍學習其戰術。

進入咸豐五年（1855年），為了阻止湘軍繼續向東挺進，太平天國加強了石鐘山、湖口及九江等地的防守力量。翼王石達開親自坐鎮湖口指揮，羅大綱守衛對岸的梅家洲，林啟容則堅守九江，三地互為犄角之勢。曾國藩率領一萬五千餘人圍攻九江，但進展緩慢，傷亡慘重。與此同時，彭玉麟帶領水師參與其中，雖在小池口和湖口取得了一些區域性勝利，卻未能改變整體局勢。一次夜間突襲導致曾國藩所在的帥船被毀，給湘軍帶來了重大損失。鑑於直接攻克九江難度極大，曾國藩轉而嘗試攻取梅家洲和湖口。期間，蕭捷三受命率領一百二十多艘小型戰船試圖透過長江進入鄱陽湖消滅太平軍水營，結果不幸被封鎖，與外界隔絕。失去這些靈活機動的小船支援後，湘軍的大船變得極為脆弱，多次遭到夜襲，遭受嚴重破壞。無奈之下，曾國藩只得下令撤退。彭玉麟雖然盡力救援，但最終只能跟隨殘餘部隊返回武漢。自此，湘軍水師被迫分裂為內湖和外江兩個獨立的部分。

不久之後，曾國藩指示彭玉麟帶領尚存的七十多艘較為完好的戰船前往沔陽州新堤進行修整。就在這個時候，武昌、漢陽再次落入太平軍手中。彭玉麟隨即在當地招募新兵並建造船隻，逐漸恢復了外江水師的力量，使其人數達到了三千左右，由他和楊嶽斌共同指揮。同年七月，應湖北巡撫胡林翼之邀，彭玉麟帶領部隊從金口出發，先是攻克蔡店及其周邊地區，接著又成功佔領了漢陽，並在此過程中俘虜了多名太平軍高階將領。隨後，他還接連奪取了五顯廟、晴川閣等地，並在葉家洲焚燒了兩百餘艘敵船，進一步鞏固了湘軍在該區域的優勢地位。

咸豐四年（1854年），湘軍水師在從沙口返回沌口的途中遭遇了太平軍的猛烈炮擊。在這次戰鬥中，彭玉麟所乘坐的戰船桅杆被炮火打斷，船隻無法繼續前進，情況十分危急。就在此時，楊嶽斌駕駛的戰船經過，但當彭玉麟向他呼救時，楊嶽斌卻假裝沒有聽見，迅速離開了現場。幸運的是，彭玉麟部下的成發翔恰好駕著一艘舢板經過，彭玉麟得以跳入其中逃過一劫。事後，湖北巡撫胡林翼上書稱讚彭玉麟“忠勇冠軍”，並指出其膽識與堅定。清廷也對此事給予了嘉獎，並以道員的身份記名。

隨著戰爭局勢的發展，塔齊布去世，蕭捷三也在戰場上陣亡，內湖水師失去了領導核心。在這種情況下，曾國藩決定調遣彭玉麟來江西接管內湖水師。當時彭玉麟正在長沙休假，接到命令後，儘管袁州、瑞州等地已被太平軍佔領，導致前往江西的道路受阻，彭玉麟仍然設法偽裝成一名遊學乞食者，穿著破舊的衣服徒步行走七百里，巧妙地避開了沿途太平軍的盤查，最終成功抵達南昌的曾國藩大營。接手內湖水師後，彭玉麟進行了大規模的整頓和擴充，使得水師規模達到了十營六百艘船，大大增強了戰鬥力。

到了咸豐六年（1856年），彭玉麟因功被提拔為廣東惠潮嘉道。在此期間，他在樟樹鎮、臨江吳城以及塗家埠等地多次擊敗太平軍，重新奪回了南康等地，展現了卓越的指揮才能。緊接著，在咸豐七年（1857年），由於