道，同時更換了戰績不佳的總兵，由江長貴接替。

咸豐六年（1856），何桂清繼續指揮軍事行動，聯合鄧紹良、秦如虎、都興阿等將領合攻寧國府。在他的指揮下，清軍取得了勝利，收復了寧國府城。朝廷對此給予高度評價，並嘉獎了何桂清及其部下。然而，這一年他也遭遇了一些個人困擾，好友杭州知府王有齡被控告，何桂清在回覆中表達了不滿，被中央責問，但他以健康原因請求辭職，最終被挽留。

咸豐七年（1857），何桂清被任命為兩江總督，並迅速投入到統籌軍餉的工作中。他推薦王有齡擔任江蘇布政使，負責軍餉事宜，並協調其他將領共同作戰。在冬季，清軍攻克鎮江，何桂清因此功績被加封為太子少保。

咸豐八年（1858），何桂清除了繼續參與鎮壓太平天國之外，還參與了與英、法、美三國的談判，改訂了稅則和通商章程，進一步鞏固了清朝的財政基礎。

到了咸豐十年（1860），何桂清繼續在軍事上取得進展。他指揮部隊收復了江寧九洑洲，併成功合圍江寧。當太平天國忠王李秀成奇襲杭州時，何桂清迅速調集兵力支援，最終擊退了太平軍，並收復了臨安、孝豐和安吉。這一系列勝利使他在朝廷中的地位更加穩固，咸豐帝也多次嘉獎他的貢獻。

，！

三、丟城失地

何桂清在鎮壓太平天國運動後期的表現，逐漸成為他一生中最大的汙點。咸豐十年（1860），太平軍對清軍的攻勢愈發猛烈。太平軍圍攻金壇，攻陷江陰，何桂清派遣總兵馬得昭、熊天喜、曾秉忠以及副將劉成元分水陸兩路抵禦，但由於兵力分散，效果並不理想。太平軍集結了十餘萬人，分別從建平和東壩兩個方向出發，一支直逼江寧，另一支則窺視常州。面對如此強大的敵軍，何桂清幾乎失去了應對的能力。

不久之後，馬得昭和周天孚分別前往支援蘇州和常州，但太平軍已經逼近金壇，並攻陷了句容。句容是清軍大營的後方補給線，它的失陷導致清軍的後勤供應中斷。張玉良率軍返回常州，但和春卻急電調遣他前往大營增援。何桂清沒有同意調遣張玉良，反而又調遣馬得昭，但後者並未回應。此時，浙江巡撫王有齡寫信勸誡何桂清不要離開常州，並警告說：“事棘時危，身為大臣，萬目睽睽，視以動止。一舉足則人心瓦解矣。”

不幸的是，天氣惡劣，連降大雪，清軍士兵飢寒交迫，無法得到足夠的糧食補給，最終導致士兵譁變，紛紛逃離戰場。和春與張國樑不得不撤退至丹陽。在這種情況下，何桂清上書陳述：“丹陽以上的軍務由和春、張國樑負責；常州的軍務由臣與張玉良負責。”部署剛剛穩定下來，太平軍便直撲丹陽，張國樑在這次戰鬥中犧牲，和春逃往常州，這讓何桂清感到極度震驚。

在局勢進一步惡化的情況下，總理糧臺查文經等人建議退守蘇州。何桂清隨即上書，將軍事指揮權交給和春，自己則前往蘇州籌措軍餉。當他準備離開常州時，常州的紳士和平民阻攔道路，希望他留下。隨行人員用槍驅散人群，造成十餘人死亡。張玉良留守常州，不久也撤離。常州計程車民堅守城池，但幾天後城池陷落，遭到屠殺。何桂清抵達蘇州後，遭到巡撫徐有壬的拒絕，並被彈劾其棄城失地之罪。和春退至無錫時受傷身亡。何桂清藉口借用外國軍隊，前往上海避難。

蘇州隨後也被太平軍佔領，徐有壬自殺殉職，並留下遺書繼續彈劾何桂清。咸豐帝下令逮捕何桂清，將其帶回北京治罪。恰逢此時，各國聯軍侵犯京師，皇帝避難至熱河，此事拖延了兩年。儘管何桂清的舊部下王有齡和江蘇巡撫薛煥多次上疏請求寬恕，但未獲批准。同治元年（1862），何桂清終於被捕入獄，被判斬監候。大學士祁俊藻等十七人上書請求赦免，但尚書李棠階堅決反對，最終判決得