提出了四大難題：一是缺乏足夠且持續訓練的車戰部隊；二是燕、趙士兵戰鬥力下滑，需引入吳、越士兵混合訓練；三是軍紀鬆弛，且地處京城附近，改革易遭非議；四是缺乏實戰鍛鍊，難以徹底震懾敵人。針對這些問題，他提出了一套詳盡的改革方案，包括建立三營制，分別由總兵、參將、遊擊統帥，並由戚繼光總領練兵；春季與秋季，三營兵馬輪換至邊關，既可禦敵於關外，又能確保一旦敵人入侵，能迅速組織有效抵抗。

譚綸的方案獲得了穆宗的支援，同時也授權他與戚繼光具體實施。譚綸藉機強調了練兵必須專一，避免過多幹預，以保證訓練效果。儘管遭到了一些官員的反對和彈劾，但在張居正的支援下，穆宗堅定地將練兵權交給了譚綸，並警告其他官員不得干擾。

譚綸根據邊關地理特點，將薊鎮分為十二防區，每區設小將管理，全軍分為三營，分別駐守關鍵地帶。他與戚繼光密切合作，不僅強化了日常訓練，還構建了屯兵禦敵臺體系，共計三千餘座，從居庸關延伸至山海關，形成了堅不可摧的防線。同時，譚綸還招募了大量浙江兵駐守，使得邊防力量大大增強。

譚綸的這些措施迅速見效，當年秋季，薊鎮、昌平地區未出現任何警訊，過往需從外地調兵防衛的做法也被取消。他在巡視邊塞時，深刻總結了南北作戰的不同策略，明確了北方邊防的“堅壁清野，鉗制侵略”的戰略方針。經過這一系列的大刀闊斧的改革與建設，不僅邊防力量得到根本性提升，也有效震懾了蒙古勢力，使之不敢輕易進犯

六、主掌兵部

隆慶四年（1570年）是譚綸軍事與政治生涯中的又一重要轉折點。在成功整頓薊遼邊防後，他的才能與功績得到了朝廷的進一步認可，被提拔為都察院右都御史兼兵部左侍郎，同時還肩負起了協理京營戎政的重任。這意味著譚綸不僅要在邊疆防禦上發揮關鍵作用，還要參與首都及其周邊軍事防禦的決策與管理，責任之重大可見一斑。

次年，即隆慶五年（1571年），譚綸因在邊境修建敵臺的顯著成效，再次獲得晉升，被任命為兵部尚書兼都察院右副都御史，繼續協理戎政。敵臺的修建，不僅加強了邊防的穩固，更顯示了譚綸在軍事工程和防禦策略上的遠見卓識。然而，長期的軍務勞累使譚綸身體狀況欠佳，同年十月，穆宗皇帝特許他告假回鄉 修 養 ，體現了朝廷對這位功臣的關懷與體恤。

到了隆慶六年（1572年），隨著明穆宗駕崩，年幼的明神宗朱翊鈞即位，譚綸再次被委以重任，被重新啟用為兵部尚書，顯示出新皇對譚綸能力的高度信任與依賴。然而，職位越高，面臨的壓力與挑戰也就越大。次年（1573年）正月，給事中雒遵上書彈劾譚綸，指責其不稱職，這可能是對譚綸改革措施的反彈或是朝中不同政治勢力的博弈體現。面對指責，譚綸本人也多次請求辭去職務，顯示出其不戀權位、以國事為重的高潔品質。明神宗並未接受譚綸的辭呈，而是下達了優詔，懇切地挽留譚綸，表達了對這位資深軍事領導者的高度依賴和期望。同時，為了表彰譚綸的貢獻，他還被加封為太子少保，這是對譚綸在軍事與政務上卓越貢獻的又一次官方肯定。

七、卒於任上

萬曆五年（1577年），對於大明帝國而言，是一個悲傷的年份，因為一代名將譚綸在其位於京師的府邸中，因長期的痰疾發作，不幸逝世，享年五十八歲。譚綸的一生，是與國家興亡緊密相連的一生，從抗倭名將到總督薊遼，再到主持兵部，他的每一次轉身都深深烙印在國家的記憶裡。他的離世，不僅是譚氏家族的巨大損失，也是整個國家的痛惜。

明神宗朱翊鈞對於譚綸的逝世深感哀痛，不僅下詔“從厚治葬有儀”，以國家的最高規格來表達對這位功臣的敬意與悼念，還賜予了隆重的祭