保經略大臣的職務，使其能夠統一指揮川、楚、陝、甘、豫五省的軍務。勒保根據叛軍在四川的分佈情況，決定暫時駐紮在梁山、大竹等地指揮作戰。

在勒保的領導下，清軍迅速擊敗了叛軍的主要力量。到了四月，徐天德、龍紹周、龔建、樊人傑及張子聰等叛軍紛紛潰逃至開縣東部。六月，叛軍企圖進入陝西，但被勒保派兵阻擊。七月，勒保指揮下的清軍在雲陽殲滅了藍號包正洪的部隊，並在隨後的幾個月裡接連擊敗了其他幾股叛軍，使叛亂形勢逐漸得到控制。

然而，正當勒保在前線奮戰時，他卻因治餉問題遭受彈劾，被指控浪費軍餉且未能有效減少叛軍人數。嘉慶帝對此極為不滿，下令剝奪勒保的職務，並派遣魁倫前往四川調查。儘管勒保在軍中有較高的威望，但由於八旗兵的驕縱態度，以及他對軍紀的嚴格要求，導致了諸多非議。最終，勒保因種種原因被判死刑，但由於皇帝念及他過去的功勞，改為監禁。

到了嘉慶五年（1800年），隨著叛軍再次活躍，清廷不得不重新啟用勒保。他再度赴川指揮作戰，並在數月之內接連取得勝利，逐漸平定了叛亂。

五、移師川東

嘉慶六年（1801年）正月，勒保率軍進入川東地區，繼續執行剿匪任務。此時，叛軍中的藍號楊步青在大寧地區遭遇了清軍的重創。然而，樊人傑、徐萬富與藍號王士虎、冉天士等叛軍則在廣元、蒼溪一帶製造混亂。勒保迅速派遣副都統阿哈保前往支援，並親自率軍趕往南部，與阿哈保合兵一處，成功在嘉陵江附近擊殺了徐萬富。

二月，藍號張士龍竄入巴州，勒保派提督七十五將其擊斃。接著，勒保親自指揮部隊攻打藍號陳朝觀和白號魏學盛，在巫山與雲陽之間將其擊潰。隨著叛軍的不斷北竄，勒保率軍追至竹山一帶。到了六月，叛軍再次返回東鄉，勒保再次發起攻擊，成功擒獲青號何子魁，並擊斃了藍號苟文明和鮮俸先。

七月，勒保再次取得戰果，成功捕獲了徐天壽和王登高。八月，白號高見奇與魏學盛合流，襲擊廣元，勒保及時攔截，並一路追擊至通江。此時，藍號冉學勝從老林方向趕來加入戰鬥，勒保趁夜發動攻勢，成功抓獲冉學勝。清廷為此授予勒保三等男爵位。九月，高見奇和魏學盛分頭逃竄至南江及陝西西鄉。勒保抵達南江時，得知李彬正在巴州和蒼溪一帶活動，擔心他會越過嘉陵江，急忙趕往。結果，李彬已向東逃至通江，勒保於是轉移兵力至大竹，追剿湯思蛟和劉朝選，並最終在太平擒獲了劉朝選的同夥蕭焜。

，！

到了冬季，勒保與額勒登保、德楞泰一同上書，認為剿匪大局已基本穩定，建議適當撤軍。然而，嘉慶帝認為巨匪尚未完全清除，不應急於求成，因而嚴厲駁斥了他們的提議。

嘉慶七年（1802年），勒保再次上書提出新的剿匪策略。他認為四川省自實施築寨練團以來，叛軍勢力已大大減弱，建議分段駐兵，並率領團練協同作戰。他還建議派遣熟悉軍事的地方官員負責具體事宜，以實現軍力與民力的互補，確保叛軍無處藏身。清廷接受了這一建議。

一月，勒保成功在忠州捕獲青號何贊。二月，李彬逃竄至南江，被建昌道劉清捕獲。三月，張天倫和魏學盛再次在川北活動，勒保派遣總兵田朝貴前去圍剿，但效果不佳。勒保隨即親自率領羅思舉等人繼續追擊，並在巴州取得了大捷，張天倫和魏學盛均被擊斃。

五月，勒保派遣羅聲皋和達斯呼勒岱分別擒獲了白號庹向瑤和青號徐天培，總兵田朝貴也在追擊藍號時擊斃了楊步青。七月，劉朝選糾集青、藍、黃號殘匪竄至大寧，勒保派出將領迎擊，羅思舉擒獲劉朝選，達斯呼勒岱擊斃賴飛隴，因此被晉封為一等男。

十月，羅思舉擒獲張簡，湯思蛟也在逃竄中被捕。十一月，