劉令譽關係不佳。四川石砫土官馬鳳儀的軍隊在侯家莊被農民軍擊敗，曹文詔快速趕到才打退了農民軍。戰鬥結束後，曹文詔剛脫下盔甲休息，與劉令譽見面，二人言語不合。曹文詔拂衣而起，當面斥責了劉令譽。劉令譽惱怒之下，將馬鳳儀的敗亡歸咎於曹文詔。兵部認為曹文詔仗著打了幾次勝仗就變得驕傲起來，於是將他調往大同。

五、兵敗大同

崇禎七年（1634年）七月，清軍入關西征插漢部，回師途中順便進入了大同境內。清軍攻佔了得勝堡，參將李全自殺身亡。隨後，清軍圍攻懷仁縣以及井坪堡、應州等地。曹文詔與總督張宗衡先駐紮在懷仁堅守。八月，懷仁解圍後，曹文詔移兵駐紮在鎮城，並向清軍挑戰，但最終失敗而歸。之後，靈丘及其他屯兵的城堡大多失陷，清軍凱旋而歸。

十一月，朝廷評定各將的罪過，曹文詔、張宗衡以及巡撫胡霑恩一同被定罪充軍到邊地的衛所。命令剛一下達，山西巡撫吳甡就上書推薦曹文詔知兵善戰，請求將他安排到山西來。於是朝廷命令曹文詔擔任援剿總兵官，讓他立功贖罪。

此時，河南的戰禍尤為嚴重，朱由檢原本已經同意了兵部的意見，命令曹文詔率兵緊急前往河南剿賊。然而，吳甡再次上書力爭，請求讓曹文詔先平定山西的農民軍，然後再進軍河南。朱由檢沒有同意吳甡的請求。儘管如此，曹文詔出於對吳甡的感激之情，最終還是取道太原，並被吳甡留住。

六、輕 軍 突 襲

崇禎八年（1635年）三月，曹文詔整頓軍隊南下，並與洪承疇在信陽相會。洪承疇非常高興，立即派遣曹文詔前往隨州進攻農民軍，曹文詔在隨州追殺了農民軍三百八十多人。四月，洪承疇駐紮在汝州，因為農民軍全部轉移到了關中地區，洪承疇決定回頭先剷除農民軍的老巢。為此，他分別命令各位將領把守要害，併發布檄文召曹文詔入關。曹文詔於是騎馬到靈寶拜見洪承疇。

洪承疇分析認為農民軍可能集中在商州和雒南兩地，如果聽說明軍過去，一定會先逃往漢中。如果大軍從潼關進入漢中，反而會落在農民軍的後面。於是他命令曹文詔從閿鄉取山路到商州和雒南，直搗農民軍老巢，然後再從山陽、鎮安、洵陽等地趕到漢中，阻止農民軍逃跑。他對曹文詔說：“這次行軍，道路迂迴曲折，路程遙遠，將軍很辛苦，我將聚集關中的兵力等待將軍的到來。”說完，他親切地拍著曹文詔的背為他送行。曹文詔沒有多言，即刻啟程前往指定地點。

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五月五日，曹文詔抵達商州。農民軍距離商州城三十里，軍營燈火遍佈山野。曹文詔決定採取夜襲的方式，半夜時分率領侄子參將曹變蛟、守備官曹鼎蛟、都司白廣恩等在深山老林中向農民軍發動了突襲。在金嶺川，農民軍倚仗險要的地勢，派出約一千名騎兵迎戰。曹變蛟大聲呼喊著衝入敵陣，各路兵馬緊跟其後，農民軍再次大敗逃亡。曹變蛟勇猛無比，農民軍中一聽說“大、小曹將軍”，都非常畏懼。

七、兵敗自盡

不久之後，闖王高迎祥、八大王張獻忠率領的各路農民軍攻打鳳翔，並向汧陽、隴州挺進，曹文詔從漢中緊急趕往前線。農民軍此時都集中到了靜寧、秦安、清水、秦州一帶，兵力接近二十萬人。

洪承疇考慮到曹文詔的兵力加上張全昌、張外嘉的兵力總共只有六千人，與農民軍的實力相差懸殊，於是向朝廷告急，但未得到任何指示。六月，明軍在亂馬川同農民軍遭遇。前鋒中軍劉弘烈被俘，不久副將艾萬年、柳國鎮又在戰鬥中陣亡。曹文詔聽到這個訊息後，憤怒地瞪大眼睛，立即前往洪承疇處請求出兵作戰。洪承疇高興地說：“除了你曹將軍，沒人能消滅這股農民軍。但是我的兵力已經分派出去，無法再派出接應你的隊伍。將軍出發後，我會從涇陽趕