一、早年討叛

吳興祚在處理朱統錩叛亂事件中展現出了他出色的軍事才能與政治智慧。康熙十三年（1674年），吳興祚由無錫知縣遷任行人司行人，但他仍然保留著知縣的職務。不久之後，由於漕運總督帥顏的推薦，吳興祚被破格提拔為福建按察使，開始了他新的仕途篇章。

康熙十五年（1676年），此時的福建並不平靜。耿精忠曾一度背叛清朝，自立為王，並且私下授予朱統錩以敉遠將軍的稱號。在耿精忠再度歸順清廷之後，朱統錩並未隨之屈服，反而自封為“宜春王”，佔據了貴溪一帶，成為了一股不容忽視的地方勢力。

面對這樣的局面，吳興祚並沒有採取直接軍事打擊的方式，而是選擇了更加靈活和高效的策略。他首先派遣了輕騎兵前往光澤地區，這裡靠近朱統錩控制的地盤，意圖透過外交手段來分化對方的力量。吳興祚利用了朱統錩部下的不滿情緒，成功說服了朱統錩的重要將領陳龍歸順清朝。陳龍在吳興祚的策動下，願意作為嚮導，並且幫助清軍瞭解朱統錩的防禦佈局。

與此同時，吳興祚還安排了另一名降將陽自歸作為內應，這樣就形成了內外夾擊之勢。陳龍帶領清軍主力悄悄接近朱統錩的駐地，而陽自歸則在內部製造混亂，使得朱統錩的部隊陷入了措手不及的狀態。最終，在內外壓力之下，朱統錩的大將馮珩意識到抵抗已無意義，決定束手就擒，親自將朱統錩捆綁起來獻給了清軍。伴隨著馮珩的投降，他所率領的三千兵馬也隨之歸附了清朝。

二、防衛臺海

康熙十七年（1678年），吳興祚被升任為福建巡撫，此時的東南沿海並不安寧，鄭經割據臺灣，不斷派出部隊侵擾大陸，對清廷構成威脅。鄭經派遣勇將劉國軒等進攻漳州、泉州等地，甚至包圍了泉州城。面對這一嚴峻形勢，吳興祚果斷採取行動，率領一支精銳部隊從興化出發，前往救援被圍困的泉州。

在前往救援的路上，吳興祚的部隊到達了仙遊，發現鄭經的將領黃球帶著兩千人，並且聯合了當地的一萬多土匪，集結在白鴿嶺。面對強大的敵人，吳興祚展現出了一位優秀指揮官應有的冷靜和決斷。他將部隊分成三路，自己親自率領中路軍迎戰敵軍，戰鬥從上午一直持續到傍晚，雙方僵持不下。為了打破這一局面，吳興祚巧妙地運用戰術，派遣一支部隊從小路秘密前進，奪取了白鴿嶺的關鍵位置。這場突襲取得了顯著成效，清軍斬首六百餘人，迫使大量敵軍士兵落崖或溺水身亡。在追擊殘敵的過程中，清軍收復了永春和德化兩個縣。

緊接著，吳興祚指揮總兵林賢等人率領水師出擊，對劉國軒的艦隊發動了攻擊。清軍水師分三路夾擊劉國軒的船隻，成功燒燬了敵方六十多艘艦船，並俘虜和斬殺了六千多名敵軍。吳興祚隨即向朝廷報告了這一勝利，並提出進一步加強海軍力量的建議，以期徹底解決鄭經的威脅。康熙帝對此表示支援，並下達了相應的命令。

次年，即康熙十八年（1679年），劉國軒再次捲土重來，企圖切斷江東橋以侵犯長泰。這一次，吳興祚與都統吉勒塔布、總督姚啟聖聯手，成功將劉國軒擊退。吳興祚還派遣使者王國泰等人勸降了鄭經的多位將領，包括蔡衝琱、林忠等，共招降了三千八百五十名士兵，並接收了六十七艘戰船。由於此次的軍功，吳興祚被晉升為正一品官員。

到了康熙十九年（1680年），吳興祚繼續積極備戰，他上書請求增派水師，並建造更多的戰船。同年二月，水師提督萬正色率領大軍抵達海壇島，吳興祚則與寧海將軍拉哈達、總兵王英等一同前往同安，攻取了汭洲和潯尾等要塞。隨後，吳興祚與拉哈達、王英分三路渡海作戰，最終擊敗了鄭軍，攻佔了廈門。

與此同時，萬正色也成功攻克了海壇，並招降了鄭經的重要將領朱天