行辯護，但並未提出有效的對策來對付清軍。到了九月，清河道總督楊方興建議多爾袞不惜一切代價奪取江南地區。與此同時，清朝對南明的態度也發生了變化，多爾袞致書史可法，宣稱清朝才是正統，要求南明君臣無條件投降。

史可法離京後，馬士英和劉孔昭等人更加肆無忌憚。劉孔昭因為張慎言推舉吳甡一事而在朝堂上大吵大鬧，並持刀追趕張慎言。史可法得知此事後上疏勸解，最終阻止了福王任命吳甡。史可法完成祭拜二陵後，上書表達了對朱由崧的期望，希望他能夠善始善終，時刻不忘先帝和國家的危難。朱由崧給予了史可法口頭嘉獎。

史可法失勢後自請督師江北，前往揚州統籌劉澤清、劉良佐、高傑、黃得功等江北四鎮軍務機宜。當時，黃得功、劉澤清、高傑都想駐軍揚州。高傑率先率軍抵達揚州邊境，並沿途燒殺搶掠，使得城中居民惶恐不安，紛紛登城守備。高傑對揚州進行了兩個月的圍攻。劉澤清也在淮河流域大肆掠奪。臨淮不接納劉良佐的軍隊，結果也遭到了攻擊。朱由崧命令史可法前往調解，黃得功、劉良佐、劉澤清都聽從了命令。當史可法到達高傑那裡時，高傑一向懼怕史可法，得知史可法要來，他連夜挖掘土坑掩埋地面上的屍體。第二天早上，高傑在軍營中拜見史可法，面色和言語都顯得十分緊張，汗流浹背。史可法真誠地接待了他，並用溫和的語氣與他的副將交談，這讓高傑感到意外。此後，高傑雖對史可法表示尊重，但也開始輕視他，並利用自己的兵力優勢保護自己，對於文牒也必定親自過目才肯傳遞。史可法簡要彙報了情況給福王，並安排高傑的兵力駐守瓜洲，這讓高傑非常滿意。等他離去後，揚州得以安定下來，史可法於是在揚州開設府署。

史可法集結了一千多名精銳士兵渡江北上，並計劃以此為基礎在揚州招募新兵，擴充軍隊。他還請求南京城支援盔甲、倭刀、盾牌、火炮、鑼鍋、軍費等物資，並提出了具體的裝備需求。六月，李自成被清軍擊敗，放棄北京後率兵向西逃跑，各地開始出現殺死李自成任命官員的情況。史可法請求朱由崧頒佈監國、登極兩個詔書，以安撫山東、河北軍隊和百姓的情緒。他還設立了禮賢館，招攬各地有才智的人士，並委任監紀推官應廷吉負責此事。有人獻策讓官府出租一些街坊地產給商賈，並讓商賈籌集錢糧支援軍餉，史可法認為這是好建議並予以採納。

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八月，史可法外出巡視淮安，檢閱了劉澤清的軍隊。回到揚州後，他向朝廷請求糧餉，作為北伐的費用。然而，馬士英吝嗇不肯撥款，史可法上疏朱由崧催促馬士英。藉此機會，他對朱由崧說：“現在人才日益減少，入官途徑日益混亂，人們追求名聲的心態超過了求實的心態，議論多而成功的少。當前的局勢與以往不同，必須專心討伐亂賊，報復國仇。除了籌兵籌餉，不應有其他議論；除了治兵治餉，沒有所謂的人才。如果有隻會空談，謀取高官厚祿的人，必須嚴懲不貸！”朱由崧僅以詔書回應了史可法。

當時的軍閥各自在地盤上私設關稅，導致商賈不敢通行，影響了鹽務的正常運作，給民生帶來了困難。史可法在揚州建立了幕府，盡力平息各軍閥之間的紛爭，並派遣官員監督軍閥的紀律。他還設立了戶部，讓施鳳儀主持揚州鹽務，以保證食鹽市場的暢通。同時，他還設立了理餉總兵周某，開展米豆貿易以補給軍隊，並拉攏了一些商賈加入運輸貿易，分享利潤。

高傑一直請求駐紮在揚州城內，而揚州士紳極力反對。史可法同意了高傑的請求，並安排幕府駐紮在城東官邸，讓高傑居住在城西官邸。高傑入城之日，其妻邢氏管理士兵，號令嚴明，保持了秩序。邢氏本是李自成的妻子，後來與高傑私奔，她美麗而嚴厲，士兵們都服從她。

黃得功駐紮在儀真縣。史可法前往視察黃得功的軍