老教首閻天明等教匪頭目的相繼投降，教匪的勢力進一步衰落。額勒登保向朝廷呈上了詳細的搜捕事宜報告，得到了高度肯定，並被晉封為三等伯。

然而，教匪並未完全消失。十一月，苟文明集合了各路殘匪竄入階州，並再次裹挾了不少民眾加入，然後回竄至廣元和通江。額勒登保迅速反應，在十二月份的瓦山溪之戰中擊敗了苟文明的部隊，迫使苟文明逃往開縣的大寧地區。

六、克敵制勝

嘉慶七年（1802年），額勒登保繼續在陝西和四川地區指揮剿匪作戰。正月，他成功斬殺了黃號的辛聰於南江。然而，苟文明卻趁機從西鄉偷渡漢江，這使得額勒登保感到責任重大，主動請求懲罰，最終被降為一等男爵。但是，朝廷考慮到四川的教匪主要由德楞泰和勒保負責，因此決定讓額勒登保兼任西安將軍，繼續專注於陝西的教匪問題。

二月份，苟文明逃入南山，並與宋應伏、劉永受等人匯合。額勒登保親自督師深入南山，指揮軍隊進行搜剿。在六月份的龔家灣戰役中，額勒登保成功地消滅了大部分教匪，苟文明僅以身逃過一劫，而劉永受則在逃竄過程中被鄉民殲滅。緊接著，在七月，額勒登保在寧陝的花石巖再次發動攻勢，最終擊斃了苟文明。因這一系列的勝利，額勒登保被晉封為一等伯。

隨著戰局的推進，額勒登保意識到戰事即將結束，於是向朝廷上書，建議撤回來自東三省、直隸和兩廣地區的部隊，並根據實際情況遣散或留下部分鄉勇。之後，他繼續在南山地區窮搜殘餘教匪。到了八月份，額勒登保成功擒獲了苟文齊，並擊斃了張芳。隨後，他前往平利與德楞泰會合，共同剿滅了來自湖北的教匪。在五次戰鬥中，擒獲和斬殺了超過一半的教匪。

十月份，額勒登保在達州擊斃了青號的熊方青，並徹底消滅了竹溪地區的教匪勢力。到了十一月份，額勒登保命令穆克登布追擊教匪至通江的鐵鐙臺，併成功擒獲了景英、蒲添香、賴大祥以及湖北的老教首崔連樂。因這一系列勝利，額勒登保被晉封為三等侯。

隨著主要教匪頭目的相繼落網，剩餘的零星教匪四處逃竄，躲進了深山老林之中。到了十二月份，額勒登保向朝廷報告了剿匪工作的完成情況。嘉慶帝高度讚揚了額勒登保：“在籌劃和決策方面，他總是能夠抓住要害，親自參與戰鬥，與士兵同甘共苦，其功勳最為卓著。”為此，額勒登保被晉封為一等侯，並授予世襲罔替的榮譽，任命為御前大臣，並加封太子太保，還特別賜予他使用紫色韁繩的殊榮。此外，根據各自的表現，其他有功人員也分別得到了相應的封賞。

七、善後有方

嘉慶八年（1803年），額勒登保繼續留在陝西進行搜捕行動。這一年春天，他在紫陽成功擒獲了姚馨佐、陳文海、宋應伏等多名教匪。然而，在搜捕過程中，穆克登布遭遇埋伏，不幸戰死。穆克登布的犧牲使得額勒登保更加堅定了肅清殘餘教匪的決心。

六月份，額勒登保率軍進入四川，在大寧地區成功擒獲了熊老八和趙金友。值得注意的是，熊老八正是殺害穆克登布的兇手之一。這一系列的勝利標誌著教匪的最後一批主要頭目被徹底清除。

在剿匪工作接近尾聲之際，額勒登保向朝廷上書，提出了詳細的善後計劃。他建議各省根據實際情況保留一部分本地計程車兵和鄉勇，具體來說，四川保留一萬二千人，湖北保留一萬人，陝西保留一萬五千人，並將這些人分佈在各地的重要位置。對於隨軍征戰的鄉勇，如果他們有自己的職業，則允許他們返回家鄉；如果沒有固定職業，則補充進入正規軍中服役，並由高階軍官統一指揮。

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七月份，額勒登保向朝廷報告了四川地區已經肅清的訊息。接到捷報後，朝廷命令他暫時留在四川處理善後的各項事宜。額