，並擢升為湖廣總督。然而，由於伊陽縣（今河南汝陽）發生了秦國棟等人殺害官員的案件，且案件遲遲未破，乾隆帝對此十分不滿，下達旨意責斥畢沅，並將其調回陝西巡撫的職位。

乾隆五十三年（1788年），長江在荊江決口，導致嚴重的洪澇災害。乾隆帝再次任命畢沅為湖廣總督，期望他能有效應對這次危機。畢沅到任後，立即上疏分析了長江水患的原因，並提出了具體的治理方案，包括築建對岸楊林洲土坎、雞嘴石壩等措施，以迫使水流向南，減少壅塞。同時，他還建議修築襄陽等地的堤壩，開鑿四川和湖北一帶的長江險灘，以便於雲南鋼鐵的漕運。

在這段時間裡，畢沅還邀請了著名學者章學誠加入其幕府，並提供私人藏書供其使用，支援章學誠編纂地方誌。在畢沅的支援下，章學誠完成了《麻城通志》《湖北通志》《史籍考》等一系列重要文獻。

乾隆五十五年（1790年），畢沅為慶祝乾隆帝寵臣和珅的四十歲生日，賦詩十首相贈，顯示了他在官場上的交際能力和對權貴的尊重。

然而，乾隆五十九年（1794年），陝西安康、四川大寧（今重慶巫溪）發生叛亂，傳言與湖北有關。畢沅因此被貶為山東巡撫。不過，僅一年之後，乾隆六十年（1795年），他再次被任命為湖廣總督。這一次，他面臨的是湖南苗人石三保的起義。畢沅被派往常德、荊州督辦糧餉，並因出色完成任務而被賞戴花翎。

嘉慶元年（1796年），枝江（今屬湖北）人聶傑人等人發動叛亂，攻破保康、來鳳、竹山等地，並圍攻襄陽。畢沅從辰州（今湖南沅陵）趕赴枝江進行鎮壓。雖然嘉慶帝一度下詔罷免畢沅的職務，但當他迅速攻克當陽時，嘉慶帝又恢復了他的職位，並授予他二等輕車都尉世職。畢沅在鎮壓叛亂過程中，成功捕獲了石三保、吳半生、吳八月等人，但主要頭目石柳鄧仍然在逃。畢沅請求撤回部分軍隊，僅留下必要的兵力防守要隘，但未獲批准。不久後，石柳鄧被捕，嘉慶帝命令畢沅赴湖南鎮撫。在此期間，畢沅還提出了修築樊城城牆的計劃，以工代賑，進一步鞏固地方治安。

五、生前生後

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嘉慶二年（1797年）六月，畢沅因長期勞累，身體狀況急劇惡化，出現了手足麻木的症狀。嘉慶帝得知這一訊息後，特賜“活絡丸”藥物以示關懷。然而，藥物並未能挽留住畢沅的生命。七月三日（1797年8月24日），畢沅在湖南辰州的當陽旅館中不幸病逝，享年六十七歲。畢沅的遺體最終被安葬於靈巖山的東北麓，這是他生前頗為喜愛的一片土地。

嘉慶帝得知畢沅去世的訊息後，下詔追贈他為太子太保，以表彰其一生的政績與貢獻。然而，嘉慶帝同時也指出，畢沅在湖廣總督任記憶體在諸多失察之處，因此未給予諡號。八月，嘉慶帝又撤銷了對畢沅的追贈，取消了太子太保的稱號。這一系列的變故反映了朝廷對畢沅生前工作的複雜評價。

畢沅去世後，被安葬於蘇州吳縣木瀆靈巖山麓的上沙村。然而，他的身後事並未因此結束。嘉慶四年（1799年），太上皇乾隆帝去世，嘉慶帝開始全面查辦和珅。和珅因貪汙腐敗被抄家，並被賜死。由於畢沅與和珅之間有過較多交往，嘉慶帝決定追究畢沅在湖廣總督任期內對“教匪”的失察責任。

嘉慶帝下令徹查畢沅的相關事宜，並最終認定他在處理白蓮教起義等問題上存在失職行為。嘉慶帝因此下令，不僅不準畢沅的子孫承襲其世職，還革去了長孫承襲的世職及次子承襲的廕生資格。此外，畢沅的家產也被籍沒。

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