斯大林又回到了克里姆林宮。面對極端危急的形勢，他必須把全部權力都集中起來。蘇聯最高統帥部“斯塔夫卡”名義上由國防人民委員會主席鐵木辛哥元帥擔任，但實際上任何決策只要得不到斯大林的批准（這位領導人有時對一個“kv”坦克排的使用，或者鐵絲網的發放都要插手）。就毫無效力可言。斯大林才是真正的、具有無上權威的最高軍事統帥（相形之下，楊朔銘的軍事統帥權在當時要有限的多），而且他還要把全部後方權力也抓在手上。為此在6月30日，成立了由他本人擔任主席的國防委員會，副主席為莫洛托夫，成員包括伏羅希洛夫、馬林科夫，貝利亞。所有蘇聯邊疆州區、各軍事工業人民委員會、甚至主要工業企業、基建單位都在該委員會。或者更準確的說，在斯大林本人的直接控制下。…；

雖然斯大林不願承認戰場上的不利形勢很大程度上是他所造成的，但巨大的失敗畢竟已經給斯大林上了一課，並迫使他做出了戰略撤退的決定。東北方面軍奉命後退，掩護斯大林格勒方向；東方面軍則退至烏里揚諾夫斯克。掩護古比雪夫方向，阻止華軍撲向莫斯科；而東南方面軍必須撤退到更向後的內線防禦。

在作出撤退部署的同時，缺乏現代戰爭知識的斯大林在戰術上也拿不出更多的辦法來提供給前線部隊。和他的敵人楊朔銘相比，斯大林對現代戰爭還了解的太少、太少，但他對空軍卻頗為倚重。在戰爭初期，一旦戰況惡化。斯大林首先想到的往往就是動用空軍。而為了更集中的對空軍實施領導，他在6月29日設立了擁有副國防人民委員權利的空軍司令員（首任司令是日加列夫將軍）。

如果說在現代軍事領域，戰爭初期的斯大林多少還是一個生手的話。在運用鐵腕方面，他的經驗卻是豐富的。在戰爭形勢極為緊張的時刻，斯大林也沒有忘記用鐵腕去懲罰那些他認為應當對失敗負責的人：東北方面軍司令員庫茲涅佐夫上將被撤職，表現不錯的第8集團軍索賓尼克夫少將接替了他的職務，而副總參謀長瓦杜丁中將被任命為這位少將的參謀長。

和東方方面軍司令員巴甫洛夫相比，被革職的庫茲涅佐夫算是幸運的。按照斯大林的指示。巴甫洛夫在被解職之後（鐵木辛哥接替了他），與原方面軍參謀長、通訊主任、第4集團軍司令員科羅勃科夫少將（此人所以被捕是因為斯大林指示必須處死東方方面軍的1個集團軍指揮員。而科羅勃科夫少將是當時唯一一個能夠找到的該方面軍集團軍指揮員）一道被送交軍事法庭。

儘管巴甫洛夫等人對慘敗所應負的責任並不足以處以極刑，儘管他們願意以普通士兵的身份上前線效力，但是為了維護領袖的尊嚴，法庭還是按斯大林的意思，於1944年7月2日將4人全部判處死刑並沒收全部財產。急於完成任務的軍事法庭在匆匆宣判後，當晚就直接將4人拉出去槍斃。另外，東南方面軍空軍司令員普圖辛、第41步兵軍軍長科索布茨基少將和在中國空軍偷襲中慘遭覆滅的第9混合航空兵師師長齊爾尼奇也遭到了槍決。同時為了審查突出華軍合圍的紅軍軍人，斯大林還批准建立了25座甄別營。

為了逃避同樣的命運，有不少蘇聯將領自殺。其中包括東方方面軍空軍司令科佩茲、機械化第17軍副軍長科若欽，當然還有前面提到的東南方面軍軍事委員瓦舒金，雖然他還不是一位將軍。

沒有人指責斯大林的專橫、獨裁。因為對當時面臨空前危機的蘇聯和俄羅斯民族來說，要頂住強大的敵人，就不得不接受斯大林和他的手腕。這是一場生死存亡的戰爭，任何軟弱和猶豫都會導致整個民族的滅亡。

斯大林這位並不十分精通軍事的領袖最大的突出之處就在於：他有足夠堅強的神經去承受一次又一次最可怕的打擊和令人震驚的損失，並且在這所用千百萬人的生命去交學費