二月初七日，明軍在四川太平（今萬源）縣瑪瑙山同張獻忠部遭遇。農民軍據守山頭，明軍分三路進攻。這一次明軍養精蓄銳多時，以逸攻勞，大獲全勝，擊殺農民軍三千多人，張獻忠的軍師潘獨鰲和妻妾數人被俘，張獻忠親自用的“天賜飛刀”大刀也被繳獲。一些跟隨張獻忠的小股農民軍投降。

緊接著這次勝利，明軍又在寒溪寺、木瓜溪等地連打了幾個勝仗。張獻忠屢受重創，處境十分危急，只得進入深山，迂迴避敵。

瑪瑙山之捷是幾年來明軍對付農民軍的戰爭中少有的勝利，能取得這樣的勝利未嘗不是因為楊嗣昌集中兵力蓄銳而發的戰略部署正確。

但這次勝利卻成了明軍內部失和，自我磨擦碰撞的新起點。瑪瑙山戰役之後，左良玉極為得意，以為此次大功是因為不聽楊嗣昌的排程自行其是才取得的，從此不再把督師放在眼裡。而楊嗣昌想趁著張獻忠處境困難，乘勝窮追，徹底殲滅張獻忠部，多次命左良玉進山搜剿。左良玉這時卻帶兵回到湖廣的竹溪休整起來。楊嗣昌多次傳檄嚴令，左良玉一概不聽。

但這詭異的一幕，並不是左良玉不知道斬盡殺絕的道理。因為張獻忠曾派人到左良玉營中勸說：“獻忠在，故公見重於朝廷。公聽任所部燒殺劫掠，閣部（楊嗣昌）猜忌專橫，無獻忠則公之滅亡亦不久矣！”左良玉為了自重而給張獻忠留下了一條生路。

楊嗣昌並不是很有氣量的人，對左良玉的桀驁不馴是相當憤怒，一度奏報朝廷要解除他的平賊將軍職務，改由陝西總兵賀人龍擔任。而崇禎皇帝仍然完全聽從楊嗣昌的安排，很快就下了命令。但左良玉的實力和威望畢竟不是賀人龍所能比的，楊嗣昌猶豫了一番，又請朝廷收回了成命，仍用左良玉。

這樣一來，左良玉的怨氣更大，而賀人龍因為平賊將軍得而復失，也對督師十分不滿。此後，楊嗣昌不但調不動左良玉，連陝軍都不服從命令了。

而張獻忠就趁著明軍統帥部裡一團混亂，無人圍追堵截，悄悄率軍返回到湖廣的興山、房縣一帶，不久又同羅汝才部匯合了。

圍剿農民軍到了現在，雖然明軍獲得瑪瑙山大捷，可導致了明軍的將帥失和，農民軍兩大主力再次匯合，使得局面是一片複雜。而在此時，遼東關外也傳來了“隆隆”戰鼓聲。

崇禎十三年三月，皇太極命鄭親王濟爾哈朗、多羅貝勒多鐸等人領兵修築義州城（遼寧義縣），“駐紮屯田，令明山海關外寧錦地方不得耕種”。也就是說，清軍按照了大淩河戰役的故計，以壕溝戰圍困錦州，長期屯田圍困，準備用斷糧的方法攻下錦州。

而錦州守將祖大壽嚮明廷報稱：“錦城米僅供月餘，而豆則未及一月，倘狡虜聲警再殷，寧錦氣脈中斷，則松、杏、錦三城勢已岌岌，朝不逾夕矣。”於是明廷嚴令洪承疇早日赴錦州救援。

而這時候的洪承疇身邊已經調來了王樸、楊國柱、唐通、白廣恩、曹變蛟、馬科、王廷臣、吳三桂等八大總兵，擁有了步騎十三萬，可他依然嫌實力不足，再次向朝廷要求調吳世恭的汝寧軍。

而朝廷接奏報以後，向楊嗣昌徵詢意見，是否能夠調動汝寧軍。

這時候的楊嗣昌覺得已經接連戰勝了張獻忠等農民軍，形勢是一片大好。再說，汝寧軍也一直在磨洋工，不怎麼肯出力，這支軍隊有也似無。因此，楊嗣昌就答應了洪承疇的要求。

四月二十一，傳旨的欽差來到汝寧軍，宣讀了讓吳世恭帶兵七千赴遼東作戰的聖旨。為了防止汝寧軍的抗詔不遵，他們連汝寧軍的監軍葉忠都叫了過來。

此外，欽差還很有人性化，更為吳世恭帶來了京城家中的私信，這含義也是不言而喻的。

而汝寧軍也立刻商議了眼前的局勢，最後吳世恭一錘定音，準備率軍出征。除