允改各條，其要有七：一，交還伊犁；二，喀什噶爾界務；三，塔爾巴哈臺界務；四，嘉峪關通商，允許俄商由西安、漢中行走，直達漢口；五，松花江行船至伯都訥；六，增設領事；七，天山南北路貿易納稅。曾紀澤得牒，以俄既許讓，則緩索之說，自可不議。於是按約辯論：於伊犁，得爭回南境；喀什噶爾，得照兩國現管之地，派員再勘；塔爾巴哈臺，得於崇厚、明誼所訂兩界之間，酌中勘定；嘉峪關通商，得仿照天津辦理，西安、漢中兩路及漢口字均刪去；松花江行船，因愛琿條約誤指混同江為松花江，又無畫押之漢文可據，致俄人歷年藉口，久之始允將專條廢去，宣告愛琿舊約如何辦法，再行商定；增設領事，俄人請設烏魯木齊一處，總署命再商改，始將烏魯木齊改為吐魯番，餘俟商務興盛時再議增設；天山南北路貿易納稅，將原約“均不納稅”字改為“暫不納稅，俟商務興盛再訂稅章”。此外，償款，崇厚原約償五百萬盧布，俄人以伊犁南境既已讓還，欲倍原數，久之始允減定為盧布九百萬。紀澤又以此次改約並未用兵，兵費之名絕不能認。於是將歷年邊疆、腹地與俄人未結之案，有應賠應恤者一百九案，併入其中，作為全結。又於崇厚原訂俄章字句有所增減。如條約第三條刪去伊犁已入俄籍之民，入華貿易遊歷許照俄民利益一段；第四條俄民在伊犁置有田地，照舊管業，宣告伊犁遷出之民，不得援例，且宣告俄民管業既在貿易圈外，應照中國民人一體完納稅餉；並於第七條伊犁西境安置遷民之處，宣告系安置因入俄籍而棄田地之民；第六條寫明所有前此各案，第十條吐魯番非通商口岸而設領事，暨第十三條張家口無領事而設行棧，均宣告他處不得援以為例；第十五條修約期限，改五年為十年。章程第二條貨色包件下添訁主牲畜字樣，其無執照商民，照例懲辦，改為從嚴罰辦；第八條車腳運夫，繞越捷徑，以避關卡查驗，貨主不知情，分別罰辦之下，宣告海口通商及內地不得援以為例。是為收回伊犁條約。又同時與俄訂陸路通商章程。七年正月，與俄外部尚書吉爾斯及前駐京使臣布策，在俄都畫押鈐印，旋批准換約。七月，賀俄君即位，遞國書。索逆犯白彥虎等，俄以白彥虎等犯系屬公罪，不在條約所載之列，不允交還，允嚴禁。

尋命伊犁將軍金順、參贊大臣升泰接收伊犁。八年二月，接收訖。金順進駐綏定城。升泰會同俄官勘分地界，並以哈密幫辦大臣長順會辦西北界務，巴里坤領隊大臣沙克都林扎佈會辦西南界務。四月，俄人帶兵潛入科布多所屬哈巴河，清安等以聞。因言圖內奎峒山、黑伊爾特什河、薩烏爾嶺等處形勢，與積年新舊圖說不符。朝旨命就原圖應勘之處，力與指辯，酌定新界。

十一月，分界大臣長順等與俄官佛哩德勘分伊犁中段邊界。先是距那林東北百餘裡之格登山有高宗平準噶爾銘勳碑，同治三年已畫歸俄，至是爭回，立界約三條。

九年，督辦新疆軍務大臣劉錦棠以新疆南界烏什之貢古魯克地為南北要津，請按約索還。先是，舊約所載伊犁南界，係指貢古魯克山頂而言。上年沙克都林扎布與俄使勘分南界，由貢古魯克等處卡倫繞貢古魯克山麓至別疊裡達坂設立界牌，侵佔至畢底爾河源，故錦棠以為言。朝旨命長順等據理辯論。既而沙克都林扎布又與俄官咩登斯格勘伊犁南界，俄人必欲以薩瓦巴齊為界，沙克都林扎布以為薩瓦巴齊在天山之陽，距天山中梁尚遠，不許，乃以天山中梁為界。又立牌博於別疊裡達坂，是為喀什噶爾界約。

七月，分界大臣升泰等與俄官巴布闊福等勘分科、塔界務。巴布闊福等欲照圖中直線，以哈巴河為界。升泰等以哈巴河地居上游，為科境之門戶，塔城之籓籬，若劃分歸俄，不惟原住之哈薩克、蒙、民等無地安插，即科屬之烏梁海、塔屬之土爾扈特等處遊牧之所，亦俱受逼，界址既近，釁端必多，拒之。俄使乃允