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與奧斯曼帝國的戰爭在1499年至1503年間恢復。

1499年，威尼斯與法國國王路易十二（Louis xII）結盟，反對米蘭，奪取了克雷莫納（cremona）。

同年，奧斯曼蘇丹開始進攻勒班託（Lepanto），並派遣了一支大型艦隊支援其海上攻勢。安東尼奧·格里馬尼（Antonio Grimani），一個更像商人和外交家而非水手的人，在1499年的佐基奧海戰（battle of Zonchio）中被擊敗。

土耳其人再次掠奪了弗留利（Friuli）。

威尼斯更傾向於與土耳其和海上進行和平，而不是全面戰爭，因此放棄了勒班託、杜拉佐（durazzo）、莫東（modon）和科羅尼（coron）的基地。

威尼斯的注意力因羅馬涅（Romagna）地區的微妙局勢而轉移。

羅馬涅當時是義大利最富有的土地之一，名義上屬於教皇國，但實際上被分割成一系列小領地，難以被羅馬軍隊控制。

所有鄰國都渴望獲得威尼斯的土地，因此在教皇朱利烏斯二世（pope Julius II）的領導下，於1508年加入了坎佈雷聯盟（League of cambrai）。

教皇想要羅馬涅；皇帝馬克西米利安一世（maximilian I）想要弗留利和威尼託；西班牙想要阿普利亞港口；法國國王想要克雷莫納；匈牙利國王想要達爾馬提亞，且每個人都希望獲得其他國家的一部分。

進攻威尼斯的龐大軍隊從法國發起。

1509年5月14日，威尼斯在阿格納德洛戰役（battle of Agnadello）中慘遭重創，這是威尼斯歷史上最為關鍵的時刻之一。

法國和帝國軍隊佔領了威尼託，但威尼斯透過外交努力設法擺脫困境。

威尼斯將阿普利亞港口割讓給西班牙以達成和解，朱利烏斯二世很快意識到威尼斯的最終毀滅所帶來的危險——當時威尼斯是唯一能與法國王國或奧斯曼帝國抗衡的義大利勢力。

內陸市民應聲高呼“馬爾科，馬爾科”（marco, marco），安德烈亞·格里蒂（Andrea Gritti）於1509年7月重新奪回帕多瓦（padua），成功抵禦了圍攻的帝國軍隊。

西班牙和教皇與法國的聯盟解散，威尼斯也從法國手中恢復了佈雷西亞（brescia）和維羅納（Verona）。

經過七年的毀滅性戰爭，威尼斯共和國重新獲得了西至阿達河（Adda River）的內陸領土。

儘管這場失敗最終轉變為勝利，1509年的事件標誌著威尼斯擴張的結束。

在1489年，威尼斯控制塞普勒斯的第一年，土耳其人攻擊了卡爾帕西亞半島（Karpasia peninsula），進行掠奪並俘獲人們賣為奴隸。