破壞和失控迫使中央奧斯曼政府在1779年派遣常規土耳其軍隊鎮壓這些阿爾巴尼亞部隊,並最終將他們驅逐出伯羅奔尼撒。
由於這些僱傭軍的入侵,當地人口不得不躲避迫害,藏身於伯羅奔尼撒的山區。
在此期間,總人口減少,而其中的穆斯林成分增加。
因此,半島上的希臘抵抗力量得到了增強,扎卡里亞斯(Zacharias)、梅里奧斯(melios)、佩特梅扎斯(petmezas)和科洛科特羅尼斯(Kolokotronis)等家族形成了強大的克雷夫特(klephts)團體。
那個時代的克雷夫特歌曲描述了抵抗活動。
然而,隨著庫楚克-凱納爾賈條約所賦予的特權,特別是基督教徒在俄羅斯旗幟下貿易的權利,促進了當地希臘人的經濟繁榮,加上與西歐(現代希臘啟蒙運動)的文化接觸的增加以及法國大革命的鼓舞理想,為希臘獨立戰爭奠定了基礎。
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伯羅奔尼撒半島的居民在希臘獨立戰爭中發揮了重要作用——這場戰爭始於伯羅奔尼撒半島,當叛亂者在1821年3月23日佔領卡拉馬塔(Kalamata)時。
隨著伊普西蘭蒂斯(Ypsilantis)的使者到達,當地人民在馬伕羅米哈利斯(mavromichalis)的領導下起義。
希臘和阿爾巴尼亞的叛亂者組織成武裝平民單位,控制了大部分的堡壘。
希臘叛亂者迅速取得進展,整個半島在幾個月內全部處於希臘控制之下,僅剩少數沿海要塞和的黎波里(tripolitsa)的主要土耳其駐軍。
戰鬥十分激烈,雙方都發生了暴行。
最終,整個穆斯林人口要麼被屠殺,要麼逃入堡壘。
1821年9月的的黎波里陷落標誌著一個轉折點。
叛亂者之間的競爭最終在1824年爆發成內戰,這使得奧斯曼埃及附庸易卜拉欣·帕夏(Ibrahim pasha)在1825年登陸半島。
隨著易卜拉欣的埃及軍隊的到來,伯羅奔尼撒半島成為激烈戰鬥和嚴重破壞的場所。
部分由於易卜拉欣所犯下的暴行,英國、法國和俄羅斯帝國決定干預,支援希臘人。
1827年,決定性的納瓦里諾海戰(battle of Navarino)在伯羅奔尼撒半島西海岸的皮洛斯(pylos)附近展開,由聯合的英國、法國和俄羅斯艦隊擊敗了土耳其-埃及艦隊。
隨後,法國遠征軍在1828年將最後一支土耳其-埃及軍隊驅逐出半島。
位於半島東海岸的納夫普利翁(Nafplion)成為獨立希臘國家的第一座首都。
戰爭結束時,新獨立的希臘國家,包括伯羅奔尼撒半島的全部穆斯林人口,要麼被滅絕,要麼逃離。
在19世紀和20世紀初,該地區變得相對貧困且經濟孤立。
相當大一部分人口移民至希臘的大城市,尤其是雅典,以及美國和澳大利亞等其他國家。
該地區在第二次世界大戰和希臘內戰中受到嚴重影響,經歷了那些衝突中希臘最嚴重的暴行之一。
1981年希臘加入歐盟後,生活水平在整個希臘顯著改善。
科林斯運河(corinth canal)在19世紀末完成,連線了愛琴海和科林斯灣及亞該亞海。
2001年,里奧-安季里奧橋(Rio-Antirio bridge)建成,連線了伯羅奔尼撒半島西部和希臘西部。
在2007年8月底,伯羅奔尼撒半島的大部分地區遭遇大規模野火,造成村莊和森林嚴重損毀,77人遇難。