破壞和失控迫使中央奧斯曼政府在1779年派遣常規土耳其軍隊鎮壓這些阿爾巴尼亞部隊，並最終將他們驅逐出伯羅奔尼撒。

由於這些僱傭軍的入侵，當地人口不得不躲避迫害，藏身於伯羅奔尼撒的山區。

在此期間，總人口減少，而其中的穆斯林成分增加。

因此，半島上的希臘抵抗力量得到了增強，扎卡里亞斯（Zacharias）、梅里奧斯（melios）、佩特梅扎斯（petmezas）和科洛科特羅尼斯（Kolokotronis）等家族形成了強大的克雷夫特（klephts）團體。

那個時代的克雷夫特歌曲描述了抵抗活動。

然而，隨著庫楚克-凱納爾賈條約所賦予的特權，特別是基督教徒在俄羅斯旗幟下貿易的權利，促進了當地希臘人的經濟繁榮，加上與西歐（現代希臘啟蒙運動）的文化接觸的增加以及法國大革命的鼓舞理想，為希臘獨立戰爭奠定了基礎。

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伯羅奔尼撒半島的居民在希臘獨立戰爭中發揮了重要作用——這場戰爭始於伯羅奔尼撒半島，當叛亂者在1821年3月23日佔領卡拉馬塔（Kalamata）時。

隨著伊普西蘭蒂斯（Ypsilantis）的使者到達，當地人民在馬伕羅米哈利斯（mavromichalis）的領導下起義。

希臘和阿爾巴尼亞的叛亂者組織成武裝平民單位，控制了大部分的堡壘。

希臘叛亂者迅速取得進展，整個半島在幾個月內全部處於希臘控制之下，僅剩少數沿海要塞和的黎波里（tripolitsa）的主要土耳其駐軍。

戰鬥十分激烈，雙方都發生了暴行。

最終，整個穆斯林人口要麼被屠殺，要麼逃入堡壘。

1821年9月的的黎波里陷落標誌著一個轉折點。

叛亂者之間的競爭最終在1824年爆發成內戰，這使得奧斯曼埃及附庸易卜拉欣·帕夏（Ibrahim pasha）在1825年登陸半島。

隨著易卜拉欣的埃及軍隊的到來，伯羅奔尼撒半島成為激烈戰鬥和嚴重破壞的場所。

部分由於易卜拉欣所犯下的暴行，英國、法國和俄羅斯帝國決定干預，支援希臘人。

1827年，決定性的納瓦里諾海戰（battle of Navarino）在伯羅奔尼撒半島西海岸的皮洛斯（pylos）附近展開，由聯合的英國、法國和俄羅斯艦隊擊敗了土耳其-埃及艦隊。

隨後，法國遠征軍在1828年將最後一支土耳其-埃及軍隊驅逐出半島。

位於半島東海岸的納夫普利翁（Nafplion）成為獨立希臘國家的第一座首都。

戰爭結束時，新獨立的希臘國家，包括伯羅奔尼撒半島的全部穆斯林人口，要麼被滅絕，要麼逃離。

在19世紀和20世紀初，該地區變得相對貧困且經濟孤立。

相當大一部分人口移民至希臘的大城市，尤其是雅典，以及美國和澳大利亞等其他國家。

該地區在第二次世界大戰和希臘內戰中受到嚴重影響，經歷了那些衝突中希臘最嚴重的暴行之一。

1981年希臘加入歐盟後，生活水平在整個希臘顯著改善。

科林斯運河（corinth canal）在19世紀末完成，連線了愛琴海和科林斯灣及亞該亞海。

2001年，里奧-安季里奧橋（Rio-Antirio bridge）建成，連線了伯羅奔尼撒半島西部和希臘西部。

在2007年8月底，伯羅奔尼撒半島的大部分地區遭遇大規模野火，造成村莊和森林嚴重損毀，77人遇難。