1556年8月，查理五世退位，將神聖羅馬帝國皇帝的職位讓給了他的兄弟費迪南德。

根據1521年的協議和1531年的選舉，費迪南德成為了神聖羅馬帝國皇帝（holy Roman Emperor）和奧地利（Austria）的大公（Archduke of Austria）。

由於漫長的辯論和繁瑣的官僚程式，帝國議會（Imperial diet）直到1558年5月3日才接受了這次帝國繼位。

教皇（pope）拒絕承認費迪南德為皇帝，直到1559年法蘭西與哈布斯堡達成和平。

費迪南德在位期間，特倫特會議（council of trent）結束。

為了確保他的兒子馬克西米利安二世（maximilian II）的繼位，費迪南德在1562年組織了一次帝國選舉。

特倫特會議的一些問題在費迪南德皇帝與教皇特使莫羅內（morone）之間達成的妥協後得以解決。

在帝國費迪南德的重要發明之一是霍夫戰爭委員會（hofkriegsrat，Aulic war council），該委員會於1556年正式成立，負責協調所有哈布斯堡領土內外的軍事事務。

它與帝國法院（Reichshofkanzlei）以及霍夫財政局（hofkammer）一起，構成了維也納（Vienna）哈布斯堡政府的核心機構。

帝國法院復活，專門處理與帝國特權相關的事務。

1556年，頒佈了一項法令，確保帝國事務和王朝事務由同一機構中的兩個官員小組分別管理。

在他統治期間，這些機構中的貴族權力受到了限制。

對於每個領地組，設立了專門的管理和財政辦公室。

與馬克西米利安一世和查理五世不同，費迪南德一世並不是一個遊牧式的統治者。

1533年，他將居所搬到了維也納，並在那裡度過了大部分時間。

經歷了1529年的土耳其圍城戰後，費迪南德致力於將維也納打造成一座堅不可摧的堡壘。

在1558年繼位後，維也納成為了帝國的首都。

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自1542年以來，查理五世和費迪南德能夠徵收“公用便士”（mon penny）稅或“土耳其援助”（turkenhilfe），旨在保護帝國免受奧斯曼帝國或法國的威脅。

然而，由於匈牙利並非神聖羅馬帝國的一部分，因此針對匈牙利的帝國援助取決於政治因素。

該義務僅在維也納或帝國受到威脅時生效。

費迪南德統治下的匈牙利西部地區被稱為“皇家匈牙利”（Royal hungary）。

作為奧地利（Austria）、波希米亞（bohemia）和皇家匈牙利的統治者，費迪南德採取了中央集權政策，與當時其他君主共同建設絕對君主制。

1527年，在即位不久後，他為自己的世襲領地釋出了一部憲法（hofstaatsordnung），並在普雷斯堡（pressburg）為匈牙利建立了奧地利式的機構，在布拉格（prague）為波希米亞設立了機構，在佈雷斯勞（breslau）為西里西亞（Silesia）設立了機構。

費迪南德能夠為他的領地引入更統一的政府，同時加強對波希米亞財政的控制，波希米亞為他提供了一半的收入。

然而，這些政府基本上仍然相互獨立。

奧地利人可以在波希米亞的行政機構中發展事業，但通常需要歸化，除了一些皇家保護者，如弗洛裡安·格里斯貝克（Florian Gr