1347年10月，黑死病首次在歐洲抵達西西里，地點是梅西納（messina）。

在15至18世紀，隨著大量來自伯羅奔尼撒（peloponnese）和阿爾瓦尼特人（Arvanites）的大規模移民，西西里再度受到東正教及希臘語和阿爾瓦尼卡語的影響，他們逃避奧斯曼帝國對伯羅奔尼撒的征服而遷移到西西里。

1492年西班牙宗教裁判所的開始，導致費迪南德二世下令驅逐所有西西里的猶太人。

1542年和1693年，島的東部遭遇了毀滅性地震。

就在後一次地震發生前幾年，島上還遭受了一場瘟疫。

1693年的地震導致估計有六萬人遇難。

在17世紀期間發生的幾次叛亂被武力鎮壓，尤其是巴勒莫和梅西納的叛亂。

北非奴隸襲擊使沿海的定居活動受到抑制，直到19世紀。

1713年烏得勒支條約（treaty of Utrecht）將西西里割讓給薩沃伊家族（house of Savoy），然而，這段統治只持續了七年，之後與奧地利哈布斯堡王朝的查理六世交換了撒丁島。

當奧地利人專注于波蘭王位繼承戰爭時，來自西班牙的波旁王子查爾斯。

最初，西西里得以保持作為一個獨立王國的個人聯盟，而波旁家族則從那不勒斯統治著整個王國。

然而，拿破崙的法蘭西第一帝國的到來使那不勒斯在坎波特涅塞戰役（battle of campo tenese）中淪陷，波拿巴王國的國王被任命。

波旁家族的費迪南德三世（Ferdinand III）被迫撤退到西西里，他仍在英國海軍的保護下掌控著這個島嶼。

隨後，西西里加入了拿破崙戰爭，英國的威廉·本廷克（Lord william bentinck）在島上建立了軍事和外交存在，以保護免受法國入侵。

西西里志願者加入了英國軍隊，組成了皇家西西里團（Royal Sicilian Regiment），在梅達戰役（battle of maida）中參戰，隨後轉移至伊比利亞半島。

在戰爭勝利後，西西里和那不勒斯正式合併為波旁王朝統治下的雙西西里（two Sicilies）。

1820年和1848年，反對波旁政府的大規模革命運動在西西里爆發，西西里尋求獨立。

其中1848年的革命導致了西西里短暫的獨立。

然而，在1849年波旁家族重新奪回了對島嶼的控制，並統治至1860年。

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由朱塞佩·加里波第（Giuseppe Garibaldi）領導的千人遠征（Expedition of the thousand）於1860年佔領了西西里，成為復興運動的一部分。

征服始於馬爾薩拉（marsala），當地西西里人加入他攻佔義大利南部。

加里波第的行軍最終以圍攻加埃塔（Gaeta）結束，在那裡最後一位波旁王朝（bourbons）成員被驅逐，加里波第以撒丁王國（Kingdom of Sardinia）維克托·伊曼紐爾二世（Victor Emmanuel II）的名義宣佈他為獨裁者。

西西里在1860年10月21日的公投中成為撒丁王國的一部分，超過75%的西西里人支援合併（儘管並非所有人都被允許投票）。

因此，在1861年3月17日，西西里成為義大利王國（Kingdom of Italy）的一部分。

儘管義大利王國在現代基礎設施方面進行了大量投資，西