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1556年9月，查理離開低地國家，和他的姐妹瑪麗·匈牙利和埃莉諾·奧地利一起乘船前往西班牙。

他於1557年抵達極端地區的尤斯特修道院。

他繼續廣泛通訊，並對帝國的局勢保持關注，同時飽受嚴重的痛風折磨。

他獨自生活在一個隱蔽的修道院裡，四周環繞著提香的畫作，牆上掛滿了鐘錶，許多歷史學家認為這些鐘錶象徵著他的統治和他缺乏時間。

1558年8月，查理病重，後來在21世紀被揭示為患上了瘧疾。

他於1558年9月21日凌晨去世，享年58歲，手中握著他妻子伊莎貝拉去世時所握的十字架。

查理去世後，他的帝國內舉行了大量的紀念活動，包括在墨西哥和秘魯。

為皇帝的靈魂安排了大約30,000場彌撒，並分發了他為贖回囚犯、貧窮處女和乞丐而準備的30,000個杜卡特金幣。

但他因長期戰爭而欠下鉅額債務，遠遠超出手頭資金，他的繼承者們花了幾十年才償還完畢。

查理最初被安葬在尤斯特修道院的禮拜堂，但他在遺囑中附加了一份遺囑附錄，請求建立一個新的宗教基金會，他將與伊莎貝拉一起重新安葬。

1559年他回到西班牙後，他們的兒子菲利普承擔起了實現父親願望的任務，創立了聖洛倫索·埃爾埃斯科里亞爾修道院。

在1574年修道院的皇家墓穴完成後，查理和伊莎貝拉的遺體被遷移並重新安葬在皇家禮拜堂的祭壇正下方的小墓穴中，符合查理的願望，要求“半身埋在祭壇下，半身埋在祭司的腳下”，與伊莎貝拉並肩而眠。

在著名的修道院大教堂和皇家陵墓仍在建設中時，他們的遺體就安放在皇家禮拜堂。

1654年，隨著大教堂和皇家陵墓在他們曾曾孫菲利普四世統治期間最終完工，查理和伊莎貝拉的遺骸被移入直接位於大教堂下方的皇家王室墓穴。

在大教堂的一側，有查理和伊莎貝拉的青銅雕像，後面是他們的女兒瑪利亞·奧地利和查理的姐妹埃莉諾·奧地利及瑪麗·匈牙利的雕像。

正對著他們的另一側是菲利普與他的三位妻子以及他們不幸的孫子阿斯圖里亞斯王子卡洛斯的雕像。

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查理的金幣

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最後說說查理的錢包。

查理的主要收入來源於卡斯蒂利亞、那不勒斯和低地國家，這些地區在1520年代年均收入約為280萬西班牙杜卡特，而在1540年代則約為480萬西班牙杜卡特。

斐迪南一世（Ferdinand I）的年收入總額在170萬到190萬威尼斯杜卡特之間（約215萬到250萬弗羅林或萊茵金幣）。

他們的主要敵人奧斯曼帝國（ottomans）則擁有更為精簡和高效的系統，在1527年至1528年間總收入達到1000萬金幣，並且沒有出現赤字。

他常常不得不依賴銀行家的貸款。

在他統治期間，他總共借了2800萬杜卡特，其中有550萬杜卡特來自富格爾家族（Fuggers），420萬來自奧格斯堡的維爾塞家族（welsers）。

其他債權人來自熱那亞、安特衛普和西班牙。