後的商議也在此進行。

那些迄今為止加入宗教改革的人獲得了在宗教自由上的保障，直至召開宗教會議，並且在單獨的協議中，暫停了所有涉及宗教問題的帝國法庭審理案件。

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1538年，在《納吉瓦拉德條約》（treaty of Nagyvárad）中，費迪南德（Ferdinand）勸誘無子的扎波里亞（Zápolya）任命他為繼承人。

然而，1540年，就在扎波里亞去世前，他生下了一個兒子，約翰二世·西吉斯蒙德（John II Sigismund），並迅速被議會選為國王。

費迪南德入侵匈牙利，但攝政主教弗拉特·喬治·馬爾蒂努齊（Frater George martinuzzi），即瓦拉德主教（bishop of Várad），請求奧斯曼帝國的保護。

蘇萊曼大帝進軍匈牙利（Siege of buda），不僅將費迪南德趕出了中部匈牙利，還迫使費迪南德同意為他在西匈牙利的領土繳納貢品。

約翰二世·西吉斯蒙德（John II Sigismund）也得到了波蘭國王西吉斯蒙德一世（Sigismund I）的支援，後者是他母親的父親。

然而，1543年，西吉斯蒙德與哈布斯堡家族簽署了一項條約，波蘭變得中立。

波蘭王子西吉斯蒙德·奧古斯特（Sigismund Augustus）與費迪南德的女兒奧地利的伊麗莎白大公（Archduchess Elisabeth of Austria）成婚。

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蘇萊曼大帝將特蘭西瓦尼亞（transylvania）和東部皇家匈牙利（Eastern Royal hungary）分配給約翰二世·西吉斯蒙德（John II Sigismund），其母親伊莎貝拉·雅蓋隆（Isabella Jagiellon）統治東匈牙利王國（Eastern hungarian Kingdom），而馬爾蒂努齊（martinuzzi）是實際的掌權者。

然而，由於伊莎貝拉的敵對陰謀和奧斯曼帝國的威脅，馬爾蒂努齊最終倒戈。

1549年，他同意支援費迪南德的主張，帝國軍隊進軍特蘭西瓦尼亞。

在1551年《魏森堡條約》（treaty of weissenburg）中，伊莎貝拉代表約翰二世·西吉斯蒙德同意放棄匈牙利國王的頭銜，並交出匈牙利的聖冠和王室徽章。

於是皇家匈牙利和特蘭西瓦尼亞歸於費迪南德，後者同意承認約翰二世·西吉斯蒙德為特蘭西瓦尼亞的附庸親王，並將自己的一個女兒許配給他。

與此同時，馬爾蒂努齊試圖在奧斯曼帝國派兵干預後仍保持與其友好的關係。

費迪南德的將軍卡斯塔爾多（castaldo）懷疑馬爾蒂努齊叛國，並在費迪南德的批准下將他殺害。

由於此時的馬爾蒂努齊已成為大主教和紅衣主教，這一事件引發了震驚。

教皇尤利烏斯三世（pope Julius III）對卡斯塔爾多和費迪南德宣佈了絕罰。

費迪南德向教皇提交了一份包含87條罪狀的長篇控訴，並得到了116名證人的支援。

教皇最終為費迪南德開脫，並於1555年解除絕罰。

匈牙利的戰爭仍在繼續。

費迪南德未能將奧斯曼帝國趕出匈牙利。

1554年，費迪南德派遣奧吉爾·吉塞林·德·布斯貝克（ogier Ghiselin de busbecq）前往君士坦丁堡，與蘇萊曼討論邊界條約，但未取得任何成果。